Tương tự, việc xử lý kiến nghị thanh tra còn phụ thuộc người đứng đầu cơ quan quản lý nhà nước. Bên cạnh đó, cơ quan Thanh tra vẫn trực thuộc cơ quan quản lý nhà nước về mặt tổ chức; chịu phụ thuộc lớn về cơ cấu nhân sự, điều động, miễn nhiệm, cách chức. Do đó để hoạt động thanh tra được tổ chức chuyên nghiệp, cơ quan thẩm quyền cần xây dựng các tổ chức thanh tra chặt chẽ, có tính độc lập nhất định với cơ quan quản lý nhà nước cùng cấp, đặc biệt là trong việc phát hiện và xử lý hành vi tham nhũng.
Thanh tra phải chịu trách nhiệm trước pháp luật về quyết định của mình khi kết luận, xử lý hành vi tham nhũng. Khi kết luận một hành vi là tham nhũng thì thanh tra phải chịu trách nhiệm về tính chính xác, khách quan. Nếu kết luận sai thì những người có liên quan đến việc đưa ra kết luận phải chịu trách nhiệm trước pháp luật. Thậm chí nếu gây thiệt hại cho đối tượng bị xử lý thì phải bồi thường theo quy định của pháp luật.
Ngược lại, nếu một hành vi là tham nhũng nhưng thanh tra lại không đưa ra kết luận hoặc kết luận là một hành vi vi phạm pháp luật khác thì tùy theo tính chất, mức độ của vụ việc mà thanh tra có thể phải chịu trách nhiệm trước pháp luật.
Ngoài ra, nếu không áp dụng hoặc áp dụng không kịp thời, không tương xứng các biện pháp xử lý đối với hành vi tham nhũng dẫn đến xảy ra hậu quả làm thiệt hại đến lợi ích của nhà nước, tập thể, quyền và lợi ích hợp pháp của cơ quan, tổ chức, công dân thì thanh tra cũng phải chịu trách nhiệm trước pháp luật.
Tuy nhiên, khi phát hiện hành vi có dấu hiệu phạm tội tham nhũng, có nhiều vấn đề thanh tra có quyền “xem xét, kết luận” nhưng phải kiến nghị cơ quan có thẩm quyền “định đoạt”. Cụ thể như việc kiến nghị khởi tố hình sự đối với người có hành vi phạm tội tham nhũng hoặc kiến nghị áp dụng các hình thức xử lý kỷ luật người có hành vi tham nhũng.
Ngoài ra, cơ quan Thanh tra nhà nước chưa được giao quyền phê duyệt kế hoạch thanh tra hàng năm mà thuộc thẩm quyền của Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước. Trong khi đó, định hướng, kế hoạch thanh tra là căn cứ pháp lý quan trọng nhất để triển khai hoạt động thanh tra.
Quy định hiện hành về thời hạn 05 ngày kể từ ngày phát hiện dấu hiệu tội phạm, cơ quan Thanh tra phải chuyển vụ việc cho cơ quan điều tra đã không tạo điều kiện thuận lợi để cơ quan Thanh tra chủ động xác minh, kết luận về hành vi tham nhũng. Trong nhiều trường hợp thanh tra không đủ thời gian, điều kiện cần thiết để làm rõ động cơ vụ lợi và cá thể hóa trách nhiệm của đối tượng thực hiện hành vi tham nhũng.
Trong hoạt động thanh tra, về nguyên tắc, người có trách nhiệm, người quyết định cuối cùng trong việc xử lý kết quả thanh tra vẫn là Thủ trưởng cơ quan quản lý hành chính nhà nước...
Thủ trưởng cơ quan thanh tra có quyền báo cáo Thủ trưởng cơ quan Thanh tra cấp trên khi kiến nghị của mình về những vấn đề thuộc công tác thanh tra không được Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước chấp thuận. Nhưng với sự phụ thuộc chặt chẽ về tổ chức, con người, điều kiện hoạt động như hiện nay, quyền này chỉ mang tính hình thức và rất ít được sử dụng trong thực tế.
Do đó, Luật pháp nên trao quyền cho thủ trưởng cơ quan Thanh tra quyền bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức đối với những trường hợp phù hợp. Hoạt động thanh tra cần tổ chức chuyên nghiệp, thực sự thể hiện bản chất "nhìn từ bên ngoài" với hệ thống hành chính. Muốn như vậy, cơ quan có thẩm quyền cần xây dựng các tổ chức thanh tra chặt chẽ, có tính độc lập nhất định với cơ quan quản lý nhà nước cùng cấp.
Tóm lại, nhằm nâng cao hiệu quả, hiệu lực của công tác thanh tra trên cơ sở khách quan xác định đúng và đầy đủ vị trí, vai trò, chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn của các cơ quan Thanh tra trong việc nâng cao tính độc lập trong công tác thanh tra của cơ quan Thanh tra. Cùng với việc tiến hành cải cách bộ máy nhà nước, phục vụ yêu cầu phát triển kinh tế - xã hội theo đường lối đổi mới của Đảng, việc đổi mới tổ chức và hoạt động của các cơ quan thanh tra nhà nước nói chung và Thanh tra nhà nước tỉnh nói riêng là một yêu cầu cấp thiết được Đảng và nhà nước quan tâm chỉ đạo. Để làm được điều đó cần phải đánh giá được một cách trung thực tình hình thực tiễn của công tác thanh tra nhà nước trong thời gian vừa qua, cũng như những vấn đề vướng mắc đang đặt ra về tổ chức và hoạt động của thanh tra nhà nước hiện nay, để từ đó đề ra các giải pháp thích hợp nhằm nâng cao tính độc lập trong công tác thanh tra của cơ quan Thanh tra./.