Theo Nghị định số 81, Thanh tra Chính phủ là cơ quan ngang bộ của Chính phủ, thực hiện chức năng quản lý nhà nước về công tác thanh tra, tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng, tiêu cực trong phạm vi cả nước; thực hiện hoạt động thanh tra, tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng, tiêu cực theo quy định của pháp luật.

Về nhiệm vụ, quyền hạn của Thanh tra Chính phủ, Nghị định số 81 quy định, Thanh tra Chính phủ thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn cụ thể sau đây:

Trình Chính phủ dự án Luật, dự thảo Nghị quyết của Quốc hội, dự án Pháp lệnh, dự thảo Nghị quyết của Ủy ban Thường vụ Quốc hội; dự thảo Nghị quyết, Nghị định của Chính phủ, dự thảo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ về thanh tra, tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng, tiêu cực theo Chương trình, kế hoạch xây dựng pháp luật hàng năm của Thanh tra Chính phủ đã được phê duyệt và các dự án, dự thảo văn bản quy phạm pháp luật khác theo sự phân công của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ.

Thanh tra Chính phủ trình Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ chiến lược, quy hoạch, kế hoạch phát triển trung hạn, dài hạn, hàng năm về các lĩnh vực quản lý nhà nước của Thanh tra Chính phủ; các dự thảo Quyết định, Chỉ thị, các văn bản khác về thanh tra, tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng, tiêu cực và tổ chức triển khai thực hiện.

Thanh tra Chính phủ ban hành Thông tư, Quyết định, Chỉ thị và các văn bản khác về thanh tra, tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng, tiêu cực.

Bên cạnh đó, chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra và tổ chức thực hiện các văn bản quy phạm pháp luật, chiến lược, định hướng Chương trình đã được phê duyệt về thanh tra, tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng, tiêu cực; thông tin, tuyên truyền, phổ biến, giáo dục pháp luật về thanh tra, tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng, tiêu cực.

Quy định nhiệm vụ, quyền hạn về thanh tra, Nghị định nêu rõ, Thanh tra Chính phủ có nhiệm vụ xây dựng Định hướng chương trình thanh tra trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt; xây dựng kế hoạch thanh tra của Thanh tra Chính phủ; hướng dẫn bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, ủy ban nhân dân cấp tỉnh xây dựng kế hoạch thanh tra; tổ chức thực hiện và hướng dẫn bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh tổ chức thực hiện kế hoạch thanh tra.

Thanh tra việc thực hiện chính sách, pháp luật và nhiệm vụ, quyền hạn của bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương; thanh tra việc quản lý vốn và tài sản nhà nước tại doanh nghiệp nhà nước khi được Thủ tướng Chính phủ giao; thanh tra vụ việc phức tạp, liên quan đến trách nhiệm quản lý nhà nước của nhiều bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, ủy ban nhân dân cấp tỉnh; thanh tra vụ việc khác do Thủ tướng Chính phủ giao.

Bên cạnh đó, kiểm tra tính chính xác, hợp pháp của kết luận thanh tra của Thanh tra bộ, cơ quan thanh tra của cơ quan thuộc Chính phủ, Thanh tra tỉnh và quyết định xử lý sau thanh tra của Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan thuộc Chính phủ, Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh khi cần thiết; quyết định thanh tra lại vụ việc đã có kết luận của Thanh tra bộ, cơ quan thanh tra của cơ quan thuộc Chính phủ, Thanh tra tỉnh nhưng phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật.

Thanh tra Chính phủ đề nghị Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan thuộc Chính phủ, Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quyết định việc thanh tra đối với vụ việc có dấu hiệu vi phạm pháp luật; trường hợp Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan thuộc Chính phủ, Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh không thực hiện thì ra quyết định thanh tra hoặc báo cáo Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo.

Thanh tra Chính phủ phối hợp với Kiểm toán nhà nước để xử lý chồng chéo, trùng lặp giữa hoạt động thanh tra và hoạt động kiểm toán nhà nước; chủ trì xử lý việc chồng chéo về phạm vi, đối tượng, nội dung, thời gian thanh tra giữa các cơ quan Thanh tra theo quy định của pháp luật; theo dõi, đôn đốc, kiểm tra việc thực hiện các kết luận, kiến nghị, quyết định xử lý về thanh tra của Thanh tra Chính phủ và Thủ tướng Chính phủ…

Về tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo, theo Nghị định, Thanh tra Chính phủ tổ chức việc tiếp công dân; tiếp nhận, xử lý đơn khiếu nại, tố cáo, kiến nghị, phản ánh; giải quyết khiếu nại, tố cáo theo quy định của pháp luật; chủ trì, phối hợp với các cơ quan liên quan thực hiện nhiệm vụ tiếp công dân tại Trụ sở tiếp công dân ở trung ương; theo dõi, kiểm tra, đôn đốc các bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, ủy ban nhân dân các cấp trong việc tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, thi hành quyết định giải quyết khiếu nại.

Về phòng, chống tham nhũng, tiêu cực, Thanh tra Chính phủ tổ chức, chỉ đạo, hướng dẫn việc thực hiện các quy định của pháp luật về phòng, chống tham nhũng, tiêu cực theo thẩm quyền hoặc theo chỉ đạo của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ và phòng, chống tham nhũng, tiêu cực trong công tác thanh tra; thanh tra vụ việc có dấu hiệu tham nhũng theo thẩm quyền; thanh tra việc thực hiện pháp luật về phòng, chống tham nhũng, tiêu cực tại các bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, ủy ban nhân dân cấp tỉnh, doanh nghiệp, tổ chức xã hội khu vực ngoài nhà nước theo thẩm quyền hoặc chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ.

Thanh tra Chính phủ chủ động phối hợp với các cơ quan, tổ chức trong việc phát hiện hành vi tham nhũng, tiêu cực; thanh tra vụ việc có dấu hiệu tham nhũng, tiêu cực theo thẩm quyền hoặc chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ; đôn đốc việc xử lý người có hành vi tham nhũng, tiêu cực theo quy định của pháp luật và theo phân cấp quản lý cán bộ của Đảng và Chính phủ; kiểm soát tài sản, thu nhập của người có chức vụ, quyền hạn trong cơ quan, tổ chức, đơn vị theo thẩm quyền.

Thanh tra Chính phủ xây dựng, quản lý, khai thác, bảo vệ cơ sở dữ liệu quốc gia về kiểm soát tài sản, thu nhập; theo dõi, đánh giá tình hình tham nhũng, tiêu cực và công tác phòng, chống tham nhũng, tiêu cực tại các bộ, ngành, địa phương và khu vực ngoài nhà nước; phối hợp với Kiểm toán nhà nước, Bộ Công an, Bộ Quốc phòng, Viện kiểm sát nhân dân tối cao, Tòa án nhân dân tối cao và Ban Nội chính Trung ương trong việc cung cấp, trao đổi thông tin, tài liệu, kinh nghiệm về công tác phòng, chống tham nhũng, tiêu cực; tổng hợp, đánh giá, dự báo tình hình tham nhũng, tiêu cực và kiến nghị chính sách, giải pháp phòng, chống tham nhũng, tiêu cực…

Theo Nghị định số 81, cơ cấu tổ chức của Thanh tra Chính phủ gồm 19 đơn vị: 

- (1) Vụ Pháp chế; (2) Vụ Tổ chức cán bộ; (3) Vụ Hợp tác quốc tế; (4) Vụ Kế hoạch - Tổng hợp; (5) Văn phòng;

- (6) Vụ Thanh tra, Giải quyết khiếu nại, tố cáo khối kinh tế ngành (Vụ I); (7) Vụ Thanh tra, Giải quyết khiếu nại, tố cáo khối nội chính và kinh tế tổng hợp (Vụ II); (8) Vụ Thanh tra, Giải quyết khiếu nại, tố cáo khối văn hóa, xã hội (Vụ III); (9) Cục Thanh tra, Giải quyết khiếu nại, tố cáo khu vực 1 (Cục I); (10) Cục Thanh tra, Giải quyết khiếu nại, tố cáo khu vực 2 (Cục II); (11) Cục Thanh tra, Giải quyết khiếu nại, tố cáo khu vực 3 (Cục III); (12) Cục Phòng, Chống tham nhũng, tiêu cực (Cục IV - Theo quy định tại Nghị định số 50/2018/NĐ-CP là Cục Phòng, Chống tham nhũng); (13) Cục Giám sát, Thẩm định và Xử lý sau thanh tra (Cục V- Theo quy định tại Nghị định số 50/2018/NĐ-CP là Vụ Giám sát, Thẩm định và Xử lý sau thanh tra); (14) Ban Tiếp công dân trung ương;

- (15) Viện Chiến lược và Khoa học thanh tra; (16) Báo Thanh tra; (17) Tạp chí Thanh tra; (18) Trường Cán bộ Thanh tra; (19) Trung tâm Thông tin.

Trong đó, các đơn vị quy định từ (1) -  (14) là các tổ chức hành chính, giúp Tổng Thanh tra Chính phủ thực hiện chức năng quản lý nhà nước; các đơn vị từ (15) - (19) là các đơn vị sự nghiệp công lập, phục vụ chức năng quản lý nhà nước của Thanh tra Chính phủ.

Ban Tiếp công dân trung ương có bộ phận thường trực tại Trụ sở Tiếp công dân của Trung ương Đảng và Nhà nước ở Thành phố Hồ Chí Minh.

Tổng Thanh tra Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các đơn vị trực thuộc Thanh tra Chính phủ.