Theo đó, Điều 24 của Nghị định này quy định rõ thời hạn nộp báo cáo quyết toán đối với hàng hóa đưa vào để bán tại cửa hàng miễn thuế, định kỳ hàng năm, chậm nhất là ngày thứ 90 kể từ ngày kết thúc năm tài chính, doanh nghiệp kinh doanh hàng miễn thuế nộp báo cáo quyết toán tình hình bán hàng miễn thuế trong năm tài chính cho cơ quan hải quan; doanh nghiệp kinh doanh hàng miễn thuế sau khi nộp báo cáo quyết toán được phép sửa đổi, bổ sung nội dung báo cáo trong thời gian trước khi hết thời hạn nộp báo cáo quyết toán và trước thời điểm cơ quan hải quan có thông báo về việc thực hiện kiểm tra hay không kiểm tra đối với báo cáo quyết toán.
Nội dung kiểm tra báo cáo quyết toán là kiểm tra hồ sơ hải quan, chứng từ kế toán, lượng hàng tồn tại cửa hàng miễn thuế, kho chứa hàng miễn thuế. Cơ quan hải quan chỉ yêu cầu doanh nghiệp xuất trình hồ sơ hải quan, chứng từ kế toán đối với các chứng từ thể hiện số liệu không được lưu trữ trên hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hoặc có sự sai khác giữa hệ thống xử lý dữ liệu điện tử với số liệu doanh nghiệp báo cáo.
Trình tự, thủ tục kiểm tra báo cáo quyết toán: Kiểm tra báo cáo quyết toán thực hiện theo Quyết định của Chi cục trưởng Chi cục Hải quan ban hành và gửi cho doanh nghiệp kinh doanh hàng miễn thuế biết trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày ký và chậm nhất là 05 ngày làm việc trước ngày tiến hành kiểm tra. Quyết định kiểm tra phải có các thông tin: Người kiểm tra, người bị kiểm tra, nội dung kiểm tra, thời gian bắt đầu kiểm tra, thời gian kết thúc kiểm tra, địa điểm thực hiện việc kiểm tra;
Thời hạn cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra không quá 05 ngày làm việc kể từ ngày bắt đầu kiểm tra tại trụ sở của doanh nghiệp kinh doanh hàng miễn thuế. Trường hợp phức tạp, Chi cục trưởng Chi Cục Hải quan ban hành quyết định gia hạn thời hạn kiểm tra nhưng không quá 05 ngày làm việc. Các nội dung kiểm tra được ghi nhận bằng các biên bản kiểm tra giữa đại diện có thẩm quyền của doanh nghiệp kinh doanh hàng miễn thuế và đoàn kiểm tra.
Trong thời gian 05 ngày làm việc kể từ ngày kết thúc kiểm tra tại trụ sở của doanh nghiệp kinh doanh hàng miễn thuế, cơ quan hải quan phải có thông báo kết quả kiểm tra với doanh nghiệp được kiểm tra về sự phù hợp, nội dung không phù hợp của báo cáo quyết toán (nếu có) để doanh nghiệp giải trình. Trường hợp kiểm tra xác định báo cáo quyết toán phù hợp với chứng từ kế toán, sổ kế toán, phù hợp với hồ sơ hàng hóa thực hiện kinh doanh hàng miễn thuế, cơ quan hải quan ban hành kết luận kiểm tra và xác nhận kết quả kiểm tra trên báo cáo quyết toán. Cập nhật kết quả kiểm tra vào hệ thống xử lý dữ liệu điện tử; trường hợp không phù hợp với chứng từ kế toán, sổ kế toán, không phù hợp với hồ sơ hàng hóa kinh doanh hàng miễn thuế thì yêu cầu doanh nghiệp giải trình trong vòng 05 ngày làm việc.
Trường hợp cơ quan hải quan chấp nhận nội dung giải trình của doanh nghiệp, trong thời gian 05 ngày làm việc cơ quan hải quan ban hành kết luận kiểm tra, xác nhận vào báo cáo quyết toán và cập nhật kết quả vào hệ thống xử lý dữ liệu điện tử; trường hợp cơ quan hải quan không chấp nhận nội dung giải trình của doanh nghiệp hoặc doanh nghiệp không giải trình thì cơ quan hải quan căn cứ quy định pháp luật về thuế, pháp luật về hải quan và hồ sơ hiện có để quyết định xử lý về thuế và xử lý vi phạm hành chính theo thẩm quyền hoặc kiến nghị người có thẩm quyền quyết định xử lý theo quy định pháp luật.
Bản kết luận kiểm tra phải có các nội dung: quyết định kiểm tra, phạm vi kiểm tra, nội dung kiểm tra, ý kiến của người được kiểm tra, kết luận về từng nội dung được kiểm tra, mức độ vi phạm (nếu có), biện pháp xử lý, kiến nghị đề xuất của đoàn kiểm tra về biện pháp xử lý.
Điều 25 của Nghị định cũng quy định rõ thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan đối với hàng hóa miễn thuế trong trường hợp một doanh nghiệp có nhiều cửa hàng miễn thuế, kho chứa hàng miễn thuế tại nhiều địa điểm khác nhau chịu sự quản lý của các Chi cục Hải quan, Cục Hải quan tỉnh, thành phố khác nhau.
Cụ thể, cơ quan hải quan nơi hàng hóa chuyển đi có trách nhiệm thực hiện giám sát hàng hóa xếp lên phương tiện vận chuyển, niêm phong hải quan. Căn cứ thông tin trên phiếu xuất kho, thực hiện lập 02 biên bản bàn giao hàng hóa miễn thuế vận chuyển chịu sự giám sát hải quan theo Mẫu số 06/BBBG Phụ lục II ban hành kèm theo Nghị định này và giao cho doanh nghiệp để chuyển đến Chi cục Hải quan quản lý cửa hàng miễn thuế, kho chứa hàng miễn thuế nơi hàng hóa được vận chuyển đến.
Đồng thời, theo dõi thông tin về hàng hóa được vận chuyển đi, chủ trì truy tìm trong trường hợp quá thời hạn nhưng hàng hóa chưa đến địa điểm được vận chuyển đến; theo dõi việc luân chuyển hàng hóa giữa các cửa hàng miễn thuế, kho chứa hàng miễn thuế trên hệ thống phần mềm của doanh nghiệp.
Ngoài ra, Điều 25 cũng nêu rõ trách nhiệm của cơ quan hải quan nơi hàng hóa chuyển đến. Căn cứ biên bản bàn giao do Chi cục Hải quan nơi hàng hóa chuyển đi lập, thực hiện giám sát hàng hóa đưa từ phương tiện vận chuyển vào kho chứa hàng miễn thuế, cửa hàng miễn thuế; thực hiện xác nhận trên 02 biên bản bàn giao, 01 bản giao cho doanh nghiệp, 01 bản gửi cho Chi cục Hải quan nơi hàng chuyển đi; theo dõi thông tin về hàng hóa vận chuyển, phối hợp với Chi cục Hải quan nơi hàng hóa được vận chuyển đi để truy tìm trong trường hợp quá thời hạn nhưng hàng chưa đến địa điểm được vận chuyển đến; theo dõi việc luân chuyển hàng hóa giữa các cửa hàng miễn thuế, kho chứa hàng miễn thuế trên hệ thống phần mềm của doanh nghiệp.
Chi cục Hải quan quản lý cửa hàng miễn thuế, kho chứa hàng miễn thuế có trách nhiệm tiếp nhận báo cáo quyết toán do doanh nghiệp nộp và kiểm tra báo cáo quyết toán theo quy định tại Điều 24 Nghị định này.
Nghị định này có hiệu lực thi hành từ ngày 15 tháng 10 năm 2020./.
Lan Anh