Theo Nghị định, mức phạt tiền tối đa áp dụng đối với cá nhân là 50 triệu đồng, với tổ chức là 100 triệu đồng. Cùng một hành vi vi phạm, mức phạt tiền đối với cá nhân bằng một phần hai mức phạt tiền đối với tổ chức. Ngoài phạt tiền, cá nhân, tổ chức vi phạm tùy từng trường hợp còn phải thực hiện 12 biện pháp khắc phục hậu quả sau: Buộc giải thể cơ sở giáo dục, tổ chức thuộc cơ sở giáo dục, tổ chức kiểm định chất lượng giáo dục được thành lập không đúng thẩm quyền; Buộc hủy bỏ văn bản đã ban hành không đúng thẩm quyền hoặc có nội dung trái pháp luật; Buộc hủy bỏ sách, giáo trình, bài giảng, tài liệu, thiết bị dạy học có nội dung không phù hợp, xuyên tạc, kích động bạo lực, ảnh hưởng đến thuần phong mỹ tục của dân tộc; Buộc khôi phục tình trạng ban đầu đã bị thay đổi do hành vi viết thêm, sửa nội dung bài thi, học bạ, sổ điểm, phiếu điểm hoặc các tài liệu có liên quan đên việc đánh giá kết quả học tập và rèn luyện của người học...

Việc xử phạt đối với vấn đề dạy thêm trái phép và vấn đề tổ chức thu các khoảntiền trái quy định mà dư luận phản ánh nhiều trong thời gian qua được Nghị định quy định rất rõ. Cụ thể:  Kể từ ngày 10/12/2013, người có hành vi tổ chức hoạt động dạy "chui" (dạy thêm khi chưa được cấp phép) sẽ bị xử phạt từ 06 triệu đến 12 triệu đồng. Các hành vi: tổ chức hoạt động dạy thêm không đúng nội dung đã được cấp phép bị phạt từ 04 triệu đến 06 triệu đồng; dạy thêm không đúng đối tượng bị phạt từ 02 triệu đến 04 triệu đồng; dạy thêm không đảm bảo cơ sở vật chất theo quy định bị phạt từ 1 triệu đến 02 triệu đồng. Đối với hành vi thu tổ chức thu các khoản trái quy định sẽ bị phạt tiền từ 10 triệu đến 20 triệu đồng. Ngoài ra, người vi phạm còn bị áp dụng các hình thức xử phạt bổ sung như: phải hoàn trả toàn bộ số tiền thu được từ việc dạy "chui", dạy không đúng nội dung được cấp phép, dạy không đúng đối tượng, thu các khoản trái quy định; tước giấy phép dạy thêm, đình chỉ hoạt động dạy thêm (có thời hạn); ...

Nghị định cũng quy định rõ thẩm quyền xử phạt của các cá nhân có thẩm quyền. Thanh tra viên có quyền phạt tiền tối đa là 500.000 đồng; Chánh Thanh tra Bộ, cơ quan ngang Bộ và Chủ tịch ủy ban nhân dân cấp tỉnh có quyền phạt tiền tối đa là 100.000.000 đồng. Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 10 tháng 12 năm 2013 và thay thề các Nghị định số 49/2005/NĐ-CP ngày 11 tháng 4 năm 2005 của Chính phủ quy định về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực giáo dục; Nghị định số 40/2011/NĐ-CP ngày 08 tháng 6 năm 2011 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 49/2005/NĐ-CP.