Trong đó, chức năng, quyền hạn của Bộ Tài nguyên và Môi trường được quy định theo hướng cụ thể hơn so với trước đây, đặc biệt những quyền hạn thuộc lĩnh vực quản lý của Bộ như: Đất đai; tài nguyên nước; địa chất; khoáng sản; môi trường; khí tượng thủy văn; đo đạc và bản đồ; quản lý tổng hợp và thống nhất về biển và hải đảo; biến đổi khí hậu; viễn thám. 

Bên cạnh đó, Bộ còn có những chức năng, quyền hạn chung như: Phê duyệt chiến lược, quy hoạch, chương trình phát triển các ngành, lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý nhà nước của Bộ, các dự án đầu tư theo phân cấp và ủy quyền của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ; ban hành các văn bản về quản lý nhà nước đối với ngành, lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý; thực hiện đại diện chủ sở hữu phần vốn của Nhà nước tại các doanh nghiệp thuộc Bộ theo quy định của pháp luật…

Cũng theo Nghị định này, cơ cấu tổ chức của Bộ Tài nguyên và Môi trường bao gồm 23 đơn vị, trong đó có 18 đơn vị hành chính giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước; 05 đơn vị sự nghiệp phục vụ chức năng quản lý nhà nước của Bộ. Cơ cấu của một số đơn vị cũng được quy định rõ tại Nghị định này. Cụ thể: Vụ Hợp tác quốc tế, Vụ Kế hoạch, Vụ Khoa học và Công nghệ, Vụ Tài chính, Vụ Tổ chức cán bộ được tổ chức 03 phòng/ Vụ.  Vụ Pháp chế được tổ chức 04 phòng;  Vụ Thi đua, Khen thưởng và Tuyên truyền được tổ chức 02 phòng.
Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/05/2013; thay thế Nghị định số 25/2008/NĐ-CP ngày 04/03/2008; Nghị định số 19/2010/NĐ-CP ngày 05/03/2010 và bãi bỏ các quy định trước đây trái với Nghị định này.