Theo đó, ngoài 04 đối tượng không chịu phí theo quy định trước đây như: Nước xả ra từ các nhà máy thủy điện, nước tuần hoàn trong các cơ sở sản xuất, chế biến mà không thải ra môi trường; nước biển dùng vào sản xuất muối xả ra; nước thải sinh hoạt của hộ gia đình ở địa bàn đang được Nhà nước thực hiện chế độ bù giá để có giá nước phù hợp với đời sống kinh tế - xã hội; nước thải sinh hoạt của hộ gia đình ở các xã thuộc vùng nông thôn và những nơi chưa có hệ thống cấp nước sạch, thì Nghị định này còn quy định thêm 02 đối tượng khác, gồm: Nước làm mát thiết bị, máy móc không trực tiếp tiếp xúc với các chất gây ô nhiễm, có đường thoát riêng; nước mưa tự nhiên chảy tràn.

Ngoài ra, Nghị định cũng chỉ rõ: Sau khi trừ đi phần chi phí cho việc thu phí, đánh giá, lấy mẫu phân tích nước thải… thì đơn vị thu phí có trách nhiệm nộp toàn bộ vào ngân sách địa phương để sử dụng cho công tác bổ sung môi trường, bổ sung vốn hoạt động cho Quỹ Bảo vệ môi trường của địa phương...