Nghị định quy định các cơ quan thực hiện chức năng thanh tra ngành Giao thông vận tải bao gồm: Cơ quan thanh tra nhà nước: Thanh tra Bộ Giao thông vận tải và Thanh tra Sở Giao thông vận tải; Cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành: Tổng cục Đường bộ Việt Nam; Cục Đường sắt Việt Nam, Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, Cục Hàng không Việt Nam và Cục Hàng hải Việt Nam; Chi cục Đường thủy nội địa thuộc Cục Đường thủy nội địa Việt Nam; Cảng vụ Hàng không, Cảng vụ Hàng hải và Cảng vụ Đường thủy nội địa thuộc Cục Đường thủy nội địa Việt Nam; Cơ quan quản lý đường bộ ở khu vực thuộc Tổng cục Đường bộ Việt Nam.

Thanh tra Bộ căn cứ yêu cầu nhiệm vụ công tác của ngành Giao thông vận tải trình Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải Hướng dẫn Kế hoạch thanh tra ngành Giao thông vận tải. Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải ban hành Hướng dẫn Kế hoạch thanh tra ngành Giao thông vận tải trước ngày 15 tháng 10 hàng năm. Kế hoạch thanh tra của cơ quan cấp dưới nếu có sự chồng chéo với kế hoạch thanh tra của cơ quan cấp trên thì thực hiện theo kế hoạch thanh tra của cơ quan cấp trên.

Thanh tra ngành Giao thông vận tải có cờ hiệu, trang phục, phù hiệu, cấp hiệu, biển hiệu riêng; được bố trí trụ sở làm việc, trang cấp cơ sở vật chất kỹ thuật, phương tiện và trang thiết bị chuyên dùng để phục vụ công tác thanh tra, xử phạt vi phạm hành chính.