Tuy nhiên, qua quá trình thực hiện hoạt động giám sát Đoàn thanh tra còn có một số tồn tại như: Người ra quyết định thanh tra chưa thấy rõ mục đích, ý nghĩa, tầm quan trọng của việc giám sát hoạt động của Đoàn thanh tra, hoạt động giám sát còn thiếu cụ thể, không xuyên suốt quá trình quá trình tiến hành một cuộc thanh tra, chưa phát huy được hiệu quả của hoạt động giám sát dẫn đến tình trạng một số cuộc thanh tra còn bị kéo dài thời hạn; việc xây dựng kế hoạch thanh tra ở một số Đoàn còn mang tính chất hình thức, chủ yếu phụ thuộc vào kinh nghiệm của cán bộ nên việc lập kế hoạch thanh tra chưa thực sự sát đúng với yêu cầu của cuộc thanh tra, với khả năng thực hiện của đoàn thanh tra; việc quản lý điều hành hoạt động của Đoàn thanh tra có khi còn chưa bám sát Đề cương, kế hoạch đoàn thanh tra đã được phê duyệt; việc phân công giữa các thành viên trong Đoàn thanh tra chưa rõ rang, cụ thể, chưa phù hợp với khả năng của từng thành viên; việc thực hiện các chế độ thông tin báo cáo tiến độ cuộc thanh tra xử lý các vướng mắc phát sinh trong quá trình thanh tra chưa kịp thời.

Trong quá trình tiến hành thanh tra, người được giao nhiệm vụ giám sát phải thường xuyên quan tâm đến các nội dung thanh tra, tiến độ cuộc thanh tra, các tài liệu chứng cứ thu thập được trong quá trình thanh tra có đảm bảo pháp lý và đã đủ cơ sở để kết luận nội dung thanh tra hay chưa? Người được giao nhiệm vụ giám sát cần quan tâm đến các nội dung đối tượng thanh tra giải trình, để dự kiến thẩm định kết luận thanh tra. Người được giao nhiệm vụ giám sát hỏa động đoàn thanh tra cần phải thẩm định từng nội dung của kết luận thanh tra, đặc biệt là những nhận xét, đánh giá, những kiến nghị xử lý trong kết luận thanh tra.