Một trong những điểm mới đáng chú ý của Luật Thanh tra (sửa đổi) là đã nâng cao địa vị pháp lý của cơ quan thanh tra, xác định tính độc lập tương đối của các cơ quan thanh tra trong mối quan hệ với cơ quan quản lý nhà nước cùng cấp.

Luật Thanh tra đã xác định rõ trong phạm vi nhiệm vụ, quyền hạn của mình, cơ quan thanh tra có quyền chủ động tiến hành thanh tra theo kế hoạch thanh tra đã được phê duyệt; trường hợp phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật thì Thủ trưởng cơ quan thanh tra có quyền quyết định thanh tra và chịu trách nhiệm về quyết định của mình mà không phải chỉ tiến hành thanh tra theo yêu cầu của Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước cùng cấp (các điều 15, 16, 18, 19, 21, 22, 24, 25, 27 và 28); quy định Thủ trưởng cơ quan Thanh tra có quyền yêu cầu Thủ trưởng cơ quan chuyên môn cùng cấp hoặc Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp dưới trực tiếp tiến hành thanh tra khi phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật, nếu các chủ thể này không đồng ý thanh tra thì Thủ trưởng cơ quan Thanh tra có quyền quyết định việc tiến hành thanh tra đối với vụ việc đó (điểm c khoản 2 Điều 16, điểm c khoản 2 Điều 19, điểm c khoản 2 Điều 22); quy định Thủ trưởng cơ quan Thanh tra có quyền thanh tra lại đối với các vụ việc thanh tra đã được Thủ trưởng cơ quan chuyên môn cùng cấp kết luận khi được thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước cùng cấp giao hoặc tự mình quyết định việc thanh tra lại đối với vụ việc thanh tra đã được Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp dưới trực tiếp kết luận khi phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật (điểm b khoản 2 Điều 16, điểm b khoản 2 Điều 19, điểm b khoản 2 Điều 22); khẳng định giá trị và cơ chế thực hiện kết luận thanh tra (Điều 40); xác định và phân định rõ thẩm quyền xử lý sai phạm, trách nhiệm trong xử lý sai phạm của cơ quan thanh tra, của Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước trong quá trình tiến hành thanh tra cũng như sau khi có kết luận thanh tra (các điều 46, 48, 53 và 55).

Luật Thanh tra (sửa đổi) cũng có một thay đổi rất quan trọng khác trong quy định về tổ chức và hoạt động thanh tra chuyên ngành. Với tinh thần ở đâu có quản lý nhà nước thì ở đó có hoạt động thanh tra, nhưng không phải cứ có hoạt động thanh tra là phải thành lập tổ chức thanh tra, Luật đã chấn chỉnh lại tổ chức và hoạt động thanh tra chuyên ngành theo hướng: giao chức năng thanh tra chuyên ngành cho các cơ quan thực hiện nhiệm vụ quản lý nhà nước theo ngành, lĩnh vực (bao gồm tổng cục, cục thuộc bộ, chi cục thuộc sở) trực tiếp thực hiện, để chính những người thực hiện nhiệm vụ chuyên môn trong các cơ quan này (không phải là Thanh tra viên) trực tiếp tiến hành thanh tra và quyết định xử phạt vi phạm hành chính đối với những hành vi vi phạm pháp luật. Cụ thể là tại Điều 3 của Luật về giải thích từ ngữ đã bổ sung quy định “Cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành là cơ quan thực hiện nhiệm vụ quản lý nhà nước theo ngành, lĩnh vực, bao gồm tổng cục, cục thuộc bộ, chi cục thuộc sở được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành” (khoản 6 Điều 3); “Người được giao thực hiện nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành là công chức được phân công thực hiện nhiệm vụ thanh tra của cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành” (khoản 7 Điều 3). Tại Điều 30, Luật còn chỉ rõ “Cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành không thành lập cơ quan thanh tra chuyên ngành độc lập”. Trình tự, thủ tục hoạt động thanh tra chuyên ngành cũng được Luật quy định phù hợp với tính nhanh nhạy, kịp thời và chuyên sâu của công tác quản lý theo ngành, lĩnh vực.

Để nâng cao hiệu lực, hiệu quả thanh tra, Luật Thanh tra (sửa đổi) cũng xác định rõ và cụ thể hơn trách nhiệm của cơ quan thanh tra, Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước và các chủ thể khác trong hoạt động thanh tra. Đây cũng là một điểm mới cơ bản trong Luật Thanh tra (sửa đổi) lần này. Theo đó, Trong thời hạn 15 ngày, kể từ ngày kết luận thanh tra hoặc nhận được kết luận thanh tra, Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước cùng cấp hoặc Thủ trưởng cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành có trách nhiệm tổ chức chỉ đạo việc thực hiện kết luận thanh tra theo các nội dung cụ thể quy định tại Điều 40 của Luật. Điều 41 của Luật cũng cũng quy rõ việc xử lý hành vi không thực hiện yêu cầu, kết luận, quyết định xử lý về thanh tra.
 
Đặc biệt theo Luật Thanh tra (sửa đổi) lần này, nếu trong quá trình tiến hành thanh tra, người ra quyết định thanh tra, Trưởng đoàn thanh tra, Thanh tra viên, người được giao thực hiện nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành, cộng tác viên thanh tra mà không hoàn thành nhiệm vụ thanh tra hoặc cố ý không phát hiện hoặc phát hiện hành vi vi phạm pháp luật đến mức phải xử lý mà không xử lý, không kiến nghị việc xử lý hoặc có hành vi khác vi phạm pháp luật về thanh tra thì tùy theo tính chất, mức độ vi phạm có thể bị xử lý kỷ luật hoặc truy cứu trách nhiệm hình sự; nếu gây thiệt hại thì phải bồi thường theo quy định của pháp luật (Điều 42).

Một trong những điểm mới nữa của Luật Thanh tra (sửa đổi) là kết luận thanh tra phải được công khai, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác. Việc công khai kết luận thanh tra được thực hiện bằng các hình thức: công bố tại cuộc họp với thành phần bao gồm người ra quyết định thanh tra, đoàn thanh tra, đối tượng thanh tra, cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan hoặc tổ chức họp báo; thông báo trên phương tiện thông tin đại chúng; đưa lên trang thông tin điện tử của cơ quan thanh tra nhà nước, cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành hoặc cơ quan quản lý nhà nước cùng cấp; niêm yết tại trụ sở cơ quan, tổ chức là đối tượng thanh tra; cung cấp theo yêu cầu của cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan. Trong thời hạn 10 ngày kể từ ngày ký kết luận thanh tra, người ra quyết định thanh tra có trách nhiệm thực hiện việc công khai kết luận thanh tra.

Luật này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/7/2011. Luật Thanh tra số 22/2004/QH11 hết hiệu lực kể từ ngày Luật này có hiệu lực.