Công trình thủy điện Sơn La, phối hợp với các hồ Hòa Bình, Tuyên Quang, Thác Bà tham gia điều tiết cắt lũ cho hạ du theo hướng dành dung tích phòng lũ của các hồ để điều tiết, cắt giảm lũ cho hạ du: hồ Sơn La và hồ Hòa Bình trên sông Đà là 7 tỷ m3, hồ Tuyên Quang là 1 tỷ m3, hồ Thác Bà là 450 triệu m3. Vận hành điều tiết liên hồ, đảm bảo lưu lượng lũ trên sông Hồng tại trạm Thủy văn Sơn Tây nhỏ hơn hoặc bằng 28.000 m3/s; tại trạm thủy văn Hà Nội nhỏ hơn hoặc bằng 20.000 m3/s và mực nước sông Hồng tại trạm thủy văn Hà Nội không vượt quá 13,4 m.

Trường hợp xảy ra sự cố nghiêm trọng đối với hệ thống đê điều hoặc dự báo xuất hiện trận lũ lớn 500 năm xuất hiện một lần, nhưng nhỏ hơn lũ thiết kế công trình hồ Sơn La thì được sử dụng một phần dung tích chống lũ cho công trình để cắt giảm lũ cho hạ du nhưng phải đảm bảo an toàn công trình.

Nghị định cũng quy định quy hoạch xây dựng mới, cải tạo nâng cấp các công trình đầu mối, hệ thống đê sông Đáy, nạo vét lòng dẫn sông Đáy để chủ động nước sông Hồng vào sông Đáy với lưu lượng mùa kiệt từ 30 m3/s đến 100 m3/s, mùa lũ từ 600 m3/s đến 800 m3/s phục vụ cấp nước sinh hoạt, sản xuất, phát triển kinh tế xã hội và góp phần cải thiện môi trường…

Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 10/3/2011 và thay thế Nghị định số 62/1999/NĐ-CP ngày 31/7/1999; bãi bỏ quy định tại khoản 1 Điều 8 Nghị định số 08/2006/NĐ-CP ngày 16/01/2006.