Khi thanh toán nợ, người sử dụng đất phải nộp tiền sử dụng đất theo giá đất tại thời điểm cấp giấy chứng nhận và được trả nợ dần khi có khả năng về tài chính trong thời hạn tối đa là 5 năm; sau 5 năm mà chưa trả hết nợ tiền sử dụng đất thì người sử dụng đất phải nộp tiền sử dụng đất theo giá đất tại thời điểm trả nợ.

Cũng theo Nghị định này, tổ chức được giao đất hoặc cho thuê đất nhưng đã phân phối trái thẩm quyền cho hộ gia đình, cá nhân là cán bộ, công nhân viên của tổ chức làm nhà ở trước ngày 15/10/1993, khi được cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất thì thu tiền sử dụng đất bằng 40% theo giá đất do Ủy ban nhân dân tỉnh quy định đối với diện tích trong hạn mức giao đất ở; thu bằng 100% theo giá đất do Ủy ban nhân dân tỉnh quyết định phù hợp với giá chuyển nhượng quyền sử dụng đất thực tế trên thị trường tại thời điểm cấp giấy chứng nhận đối với diện tích vượt hạn mức.

Nghị định này còn sửa đổi, bổ sung một số nội dung quan trọng khác liên quan đến căn cứ thu tiền sử dụng đất; thu tiền sử dụng đất khi nhà nước giao đất, khi chuyển từ thuê đất sang giao đất có thu tiền sử dụng đất, khi cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho người đang sử dụng đất; miễn, giảm tiền sử dụng đất… 

Nghị định này có hiệu lực thi hành từ ngày 01/03/2011, đồng thời bãi bỏ khoản 2 Điều 8 Nghị định 198/2004/NĐ-CP ngày 03/12/2004 và Điều 5 Nghị định 84/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 của Chính phủ.