Theo Thông tư này, các trường hợp không thu lệ phí hải quan bao gồm: hàng viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại; quà tặng cho cơ quan nhà nước, tổ chức chính trị, tổ chức chính trị - xã hội, tổ chức xã hội, tổ chức xã hội - nghề nghiệp, đơn vị vũ trang nhân dân và cá nhân; đồ dùng của tổ chức, cá nhân nước ngoài theo quy chế miễn trừ ngoại giao; hành lý mang theo người; hàng bưu phẩm, bưu kiện được miễn thuế xuất nhập khẩu theo quy định hiện hành; hàng đang làm thủ tục hải quan phải lưu kho hải quan để ngày hôm sau hoàn thành thủ tục hải quan; hàng xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ (kể cả hàng hóa trao đổi giữa doanh nghiệp chế xuất với nội địa và giữa doanh nghiệp chế xuất với nhau).

Lệ phí làm thủ tục hải quan là 20 ngàn đồng/01 tờ khai và lệ phí hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh Việt Nam là 200 ngàn đồng/01 tờ khai. Cơ quan hải quan được sử dụng toàn bộ tiền thu lệ phí trong lĩnh vực hải quan để trang trải chi phí cho việc thực hiện công việc, dịch vụ thu lệ phí. Lệ phí hải quan thu bằng đồng Việt Nam, trường hợp đối tượng nộp lệ phí có nhu cầu nộp bằng ngoại tệ thì được thu bằng ngoại tệ tự do chuyển đổi và được quy đổi từ đồng Việt Nam ra ngoại tệ tự do chuyển đổi theo tỷ giá giao dịch bình quân trên thị trường ngoại tệ liên ngân hàng do Ngân hàng Nhà nước Việt Nam công bố tại thời điểm thu lệ phí.

Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 01/01/2011.