Theo Chủ tịch Hồ Chí Minh, trong giai đoạn kháng chiến, công tác thanh tra, kiểm tra, kiểm soát sẽ góp phần tạo ra mối liên hệ giữa trên và dưới, giữa lãnh đạo và quần chúng nhằm đảm bảo tính chất chính quyền của dân, do dân và vì dân. Cùng với vai trò đó, công tác thanh tra còn bảo đảm ngăn chặn mọi tệ nạn thường xuyên có khả năng xảy ra như quan liêu, lãng phí, tham ô. Chủ tịch Hồ Chí Minh đã chỉ rõ “Muốn chống bệnh quan liêu, bệnh bàn giấy, muốn biết các nghị quyết có được thi hành không, thi hành có đúng không, muốn biết ai ra sức làm, ai làm qua chuyện, chỉ có một cách, là khéo kiểm soát”.

Có thể thấy, ngay từ những ngày đầu xây dựng chính quyền cách mạng, Chủ tịch Hồ Chí Minh đã đưa ra những luận điểm quan trọng về yêu cầu, mục đích và nhiệm vụ của công tác thanh tra. Đồng thời, Người cũng nêu rõ quan điểm về tiêu chuẩn cán bộ thanh tra. Theo Chủ tịch Hồ Chí Minh, “Người đi kiểm soát phải là những người rất có uy tín”. Đó là những tư tưởng đầu tiên của Chủ tịch Hồ Chí Minh về công tác thanh tra. Tư tưởng đó soi sáng mọi hoạt động của Ban Thanh tra đặc biệt, đồng thời đặt cơ sở, nền móng cho việc xây dựng hệ thống tư tưởng, tổ chức và hoạt động của ngành Thanh tra sau này.

Ngày 04/08/1947, Chủ tịch Hồ Chí Minh đã ký Sắc lệnh cử cụ Tôn Đức Thắng, nguyên Bộ trưởng Bộ Nội vụ sung chức Thanh tra đặc biệt toàn quốc. Bên cạnh Ban Thanh tra đặc biệt, Đảng và Chính phủ thành lập các Đặc uỷ Đoàn và các Đặc phái viên hoạt động có tính cách như một cơ quan Thanh tra của Chính phủ. Nhiệm vụ của các Đặc phái viên và các Đặc uỷ Đoàn Chính phủ rất to lớn và nặng nề. Trên thực tế, Đặc uỷ Đoàn còn được Chính phủ uỷ nhiệm những quyền hạn rất lớn như, có thể thay mặt Chính phủ giải quyết những vấn đề cần thiết tại chỗ, có thể cách chức từ Chủ tịch tỉnh trở xuống. Phạm vi hoạt động bao gồm toàn bộ công việc kháng chiến, kiến quốc của tất cả các cơ quan quân, dân, chính, Đảng và các tổ chức quần chúng.

Trong điều kiện công tác thanh tra của Ban Thanh tra đặc biệt tạm thời phải ngừng lại, hoạt động của các Đặc uỷ Đoàn, các Đặc phái viên Chính phủ và của Ban kiểm tra Trung ương Đảng rõ ràng mang tính chất thanh tra nhà nước, hay nói đúng hơn là thực hiện chức năng như một cơ quan Thanh tra của Chính phủ. Như vậy, với việc thành lập các tổ chức và quy định chức năng, nhiệm vụ và hoạt động của các cơ quan này, công tác thanh tra trong những năm đầu kháng chiến toàn quốc không những không dừng lại mà còn được đẩy mạnh, nhưng có sự chuyển hướng cho phù hợp với tình hình và yêu cầu của cuộc kháng chiến.

Từ cuối năm 1946 đến đầu năm 1947, Trung ương Đảng và Chính phủ đã cử một số Đặc phái viên của Chính phủ đến các địa phương trực tiếp chỉ đạo kháng chiến. Đầu năm 1947, chế độ Đặc phái viên chính trị được thiết lập trong quân đội. Tiếp đó, Bộ Tổng chỉ huy quyết định thành lập Phòng cán bộ thuộc Cục Chính trị với nhiệm vụ “trông nom, kiểm soát, hiểu thấu cán bộ”. Ngày 03/07/1947, Phòng Kiểm tra Bộ Tổng chỉ huy được thành lập thay thế Phòng Cán bộ Cục Chính trị để kiểm tra kỷ luật quân đội, kiểm tra việc thi hành các mệnh lệnh quân sự, chính trị, tinh thần, năng lực cán bộ quân sự, chính trị các cấp, cùng Tổng tham mưu trưởng, Cục trưởng Chính trị xem xét, đề nghị khen thưởng, điều động, đề bạt cán bộ.
 
Hoạt động của các phái viên Cục Chính trị, Phòng cán bộ, Phòng Kiểm tra trong thời gian này là tập trung giải quyết một số sai phạm của cán bộ các đơn vị. Đầu năm 1947, đồng chí Trần Tử Bình đi kiểm tra Trung đoàn Thủ đô ở Phú Minh, sau khi kiểm tra, Đoàn đã đề nghị xử lý nghiêm khắc các sai phạm của đơn vị.

Ngày 18/7/1947, Chính phủ ra Sắc lệnh bổ nhiệm đồng chí Lê Thiết Hùng phụ trách Thanh tra quân đội quốc gia Việt Nam. Ngày 25/01/1948, Chủ tịch Hồ Chí Minh ký Sắc lệnh số 119/SL thành lập Cục Tổng Thanh tra quân đội có nhiệm vụ chủ yếu là kiểm tra việc chấp hành các mệnh lệnh quân sự, chính trị, chấp hành kỷ luật quân đội, đề nghị thưởng phạt, thuyên chuyển cán bộ. Ngay sau khi thành lập, Cục Tổng Thanh tra quân đội đã cử nhiều phái đoàn đi thanh tra ở các địa phương, nhất là ở khu IV, khu V và mặt trận Bình - Trị - Thiên.

Tháng 10/1947, Trung ương Đảng quyết định thành lập một đoàn cán bộ đi kiểm tra và chỉ đạo công tác chuẩn bị kháng chiến ở một số tỉnh Việt Bắc. Đồng chí Lê Đức Thọ được cử làm Trưởng đoàn. Đây là đoàn công tác đầu tiên có trọng trách như một Đặc uỷ Đoàn của Chính phủ. Đoàn đã đến làm việc ở các tỉnh Thái Nguyên, Bắc Cạn, Tuyên Quang...

Cùng với Đặc uỷ Đoàn, từ cuối năm 1947, Trung ương Đảng và Chính phủ đã đi kiểm tra và chỉ đạo công cuộc kháng chiến, kiến quốc ở các địa phương, trong đó đáng chú ý nhất là Đặc uỷ Đoàn do đồng chí Trần Đăng Ninh lãnh đạo, Đoàn đã đến nhiều địa phương thuộc Liên khu Việt Bắc, Liên khu X và Liên khu III. Công việc của Đoàn là xem xét tình hình và giải quyết những nhiệm vụ phức tạp, khó khăn, đặc biệt là vấn đề đoàn kết dân tộc, đoàn kết tôn giáo, củng cố Mặt trận dân tộc thống nhất, bảo đảm cơ sở cho kháng chiến thắng lợi. Các chuyến đi công tác đó thực chất là công tác thanh tra Nhà nước được tiến hành bằng hình thức đặc biệt trong hoàn cảnh chiến tranh. Có thể nói, các chuyến đi của Đặc uỷ Đoàn đã có tác dụng giúp Chủ tịch Hồ Chí Minh, Trung ương Đảng và Chính phủ nắm được tình hình thực tế cần thiết, củng cố khối đoàn kết dân tộc, giải quyết được nhiều vấn đề khó khăn, phức tạp ở các địa phương.

Song song với những hoạt động thanh tra hoặc có tính chất thanh tra của các Đặc phái viên, Đặc uỷ Đoàn Chính phủ và của Ban Kiểm tra Trung ương, của Tổng Thanh tra quân đội, trong những năm 1948-1949, Ban Thanh tra các miền cũng có những hoạt động tích cực, nhất là Ban Thanh tra thuộc Uỷ ban kháng chiến hành chính miền Nam Trung bộ do ông Trần Đình Trí làm Trưởng ban.

Ngày 21/01 - 13/10/1949, đoàn kiểm tra của Ban Thanh tra miền Nam Trung bộ đã đến kiểm tra tình hình hoạt động mọi mặt của tỉnh Quảng Ngãi và một số huyện, xã trong tỉnh.

Từ ngày 10/11 - 09/12/1949, đoàn kiểm tra của Ban Thanh tra miền Nam Trung bộ đã đến kiểm tra tình hình Quảng Nam - Đà Nẵng và một số huyện, xã trong tỉnh.

Có thể thấy, kết quả công tác thanh tra trong giai đoạn này đã chứng tỏ rằng, ngay trong hoàn cảnh chiến tranh, yêu cầu về thanh tra, kiểm tra cũng hết sức to lớn, trước hết là góp phần quan trọng vào việc tạo ra mối liên hệ giữa Đảng với dân, giữa lãnh đạo và quần chúng, ổn định chính trị, tư tưởng của quần chúng nhân dân, động viên sức mạnh của khối đại đoàn kết dân tộc nhằm thực hiện mục tiêu chung - kháng chiến thắng lợi./.