Theo đó, phương án sắp xếp các tổ chức Đảng như sau: Kết thúc hoạt động của Đảng ủy Khối các cơ quan tỉnh, Đảng ủy Khối doanh nghiệp tỉnh và kết thúc hoạt động của các ban cán sự đảng, đảng đoàn.
Thành lập Đảng bộ cơ quan Đảng, đoàn thể, HĐND, tư pháp tỉnh trực thuộc Tỉnh ủy; Thành lập Đảng bộ chính quyền cấp tỉnh trực thuộc Tỉnh ủy; Chuyển giao Đảng bộ Tổng công ty cao su Đồng Nai về Đảng bộ Tập đoàn cao su Việt Nam.
Phương án sắp xếp các cơ quan, đơn vị: Cấp tỉnh, tiếp tục duy trì 4 cơ quan: Ban Tổ chức Tỉnh ủy, Ban Nội chính Tỉnh ủy, Văn phòng Tỉnh ủy và cơ quan Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy. Hợp nhất Ban Tuyên giáo Tỉnh ủy và Ban Dân vận Tỉnh ủy.
Duy trì tổ chức bộ máy cơ quan MTTQ Việt Nam, Hội LHPN tỉnh, Hội Nông dân tỉnh, Hội Cựu chiến binh tỉnh và Tỉnh đoàn. Duy trì tổ chức bộ máy cơ quan Trường Chính trị như hiện nay.
Hợp nhất Đài Phát thanh - truyền hình Đồng Nai, Báo Đồng Nai và tiếp nhận nhiệm vụ Cổng thông tin điện tử Đảng bộ tỉnh Đồng Nai, Cổng thông tin điện tử tỉnh Đồng Nai. Cấp huyện, tiếp tục duy trì 3 cơ quan: Ban Tổ chức, Văn phòng cấp ủy, cơ quan Ủy ban Kiểm tra cấp ủy. Hợp nhất Ban Tuyên giáo và Ban Dân vận cấp ủy. Duy trì tổ chức bộ máy cơ quan MTTQ Việt Nam và các tổ chức chính trị - xã hội tỉnh như hiện nay. Duy trì tổ chức bộ máy trung tâm chính trị như hiện nay.
Đối với sắp xếp tổ chức bộ máy khối chính quyền cấp tỉnh
HĐND tỉnh, duy trì 3 ban HĐND như hiện nay (Ban Pháp chế, Ban Văn hóa - xã hội và Ban Kinh tế - ngân sách). Duy trì tổ chức bộ máy của Văn phòng Đoàn Đại biểu Quốc hội và HĐND tỉnh như hiện nay.
UBND tỉnh, tiếp tục duy trì 5 sở, ngành: Sở Tư pháp; Sở Văn hóa, thể thao và du lịch; Thanh tra tỉnh; Ban Quản lý các khu công nghiệp tỉnh; Ban Quản lý khu công nghệ cao công nghệ sinh học.
Hợp nhất các sở: Kế hoạch và đầu tư và Sở Tài chính; Sở Tài nguyên và môi trường và Sở Nông nghiệp và phát triển nông thôn; Sở Giao thông vận tải và Sở Xây dựng (chuyển Văn phòng Ban an toàn giao thông thành tổ chức thuộc Sở Xây dựng và giao thông); Sở Thông tin và truyền thông, Sở Khoa học và công nghệ; Sở Lao động, thương binh và xã hội và Sở Nội vụ. Chuyển Ban Tôn giáo trực thuộc Sở Nội vụ và chức năng, nhiệm vụ về giảm nghèo từ Sở Lao động, thương binh và xã hội để sáp nhập vào Ban Dân tộc.
Tiếp nhận nguyên trạng Cục Quản lý thị trường tỉnh trực thuộc Tổng cục quản lý thị trường Bộ Công thương và tổ chức lại thành Chi cục Quản lý thị trường, trực thuộc Sở Công thương. Sáp nhập Sở Ngoại vụ vào Văn phòng UBND tỉnh. Đối với đơn vị sự nghiệp trực thuộc UBND tỉnh, giữ nguyên Khu Bảo tồn thiên nhiên - văn hóa Đồng Nai; Trường đại học Đồng Nai và Trường cao đẳng Y tế Đồng Nai.
Thành lập Trung tâm Phát triển quỹ đất tỉnh (đi vào hoạt động chính thức từ ngày 1/1/2025). Hợp nhất Trường cao đẳng Kỹ thuật Đồng Nai và Trường cao đẳng Công nghệ cao Đồng Nai. Hợp nhất Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng và Ban Quản lý dự án công trình giao thông tỉnh. Chuyển Nhà xuất bản Đồng Nai về trực thuộc Sở Khoa học, công nghệ và truyền thông.
Cấp huyện
HĐND huyện duy trì 2 ban như hiện nay (Ban Pháp chế và Ban Kinh tế - xã hội). UBND cấp huyện, đối với các phòng chuyên môn thuộc UBND huyện, thành lập Phòng Kinh tế, hạ tầng và đô thị; thành lập Phòng Văn hóa, khoa học và thông tin; thành lập Phòng Nông nghiệp và môi trường. Hợp nhất Phòng Lao động, thương binh và xã hội và Phòng Nội vụ.
Đối với các địa phương đã thành lập Phòng Dân tộc thì tiếp nhận nhiệm vụ tham mưu quản lý nhà nước về tôn giáo từ Phòng Nội vụ và nhiệm vụ tham mưu quản lý nhà nước về giảm nghèo từ Phòng Lao động, thương binh và xã hội về Phòng Dân tộc.
Phòng Giáo dục và đào tạo, tiếp nhận nhiệm vụ tham mưu quản lý nhà nước về cơ sở vật chất và thiết bị, đào tạo, công tác học sinh, sinh viên, quản lý kỹ năng nghề, nhà giáo giáo dục nghề nghiệp, kiểm định và bảo đảm chất lượng giáo dục nghề nghiệp từ Phòng Lao động, thương binh và xã hội.
Phòng Y tế, đối với các địa phương đã thành lập Phòng Y tế, tiếp nhận nhiệm vụ tham mưu quản lý nhà nước về phòng, chống tệ nạn xã hội, bảo trợ xã hội, bình đẳng giới, trẻ em từ Phòng Lao động, thương bình và xã hội. Đối với các địa phương chưa thành lập Phòng Y tế, thành lập lại Phòng Y tế để tham mưu quản lý nhà nước về y tế và tiếp nhận nhiệm vụ tham mưu quản lý nhà nước về phòng, chống tệ nạn xã hội, bảo trợ xã hội, bình đẳng giới, trẻ em từ Phòng Lao động, thương binh và xã hội.
Văn phòng HĐND và UBND cấp huyện, đối với các địa phương đã thành lập Phòng Dân tộc, Văn phòng HĐND và UBND cấp huyện giữ nguyên mô hình tổ chức như hiện nay. Đối với địa phương chưa thành lập Phòng Dân tộc thì chuyển nhiệm vụ tham mưu quản lý nhà nước về dân tộc sang Phòng Dân tộc - Tôn giáo (mới). Phòng Tư pháp, Thanh tra cấp huyện, Phòng Tài chính - Kế hoạch giữ nguyên như hiện nay.
Đối với các tổ chức hội do Đảng, Nhà nước giao nhiệm vụ, sáp nhập Hội Nạn nhân chất độc da cam/dioxin, Hội Người mù vào Hội Chữ thập đỏ tỉnh. Hợp nhất Hội Chiến sĩ cách mạng bị địch bắt tù đày tỉnh và Hội Cựu thanh niên xung phong tỉnh. Sáp nhập Hội Cựu giáo chức vào Hội Khuyến học tỉnh.