Các vi phạm hành chính trong hoạt động thủy sản quy định tại nghị định này bao gồm vi phạm các quy định về: Bảo vệ nguồn lợi thủy sản; Khai thác thủy sản; Quản lý tàu cá và thuyền viên tàu cá; Nuôi trồng thủy sản, sử dụng mặt nước biển để nuôi trồng thủy sản; Thu gom, sơ chế, bảo quản, vận chuyển, chế biến, mua bán, XK, NK thủy sản; Ngành nghề dịch vụ thủy sản; Cản trở hoạt động quản lý nhà nước về thủy sản. Các vi phạm hành chính trong hoạt động thủy sản không quy định tại nghị định này thì áp dụng theo quy định xử phạt vi phạm hành chính trong các lĩnh vực quản lý nhà nước có liên quan.

Các đối tượng bị xử phạt là các tổ chức, cá nhân Việt Nam và nước ngoài có hành vi vi phạm hành chính quy định tại nghị định này trong phạm vi lãnh thổ, vùng nội thủy, lãnh hải, vùng tiếp giáp lãnh hải, vùng đặc quyền kinh tế và thềm lục địa thuộc chủ quyền, quyền chủ quyền và quyền tài phán quốc gia của nước CHXHCN Việt Nam. Trong trường hợp Điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên có quy định khác thì thực hiện theo Điều ước quốc tế đó. Mức phạt tiền tối đa trong hoạt động thủy sản quy định trong Nghị định là 100 triệu đồng áp dụng đối với cá nhân và 200 triệu đồng áp dụng đối với tổ chức.

Chương II của Nghị định quy định chi tiết mức phạt tiền đối với mỗi hành vi vi phạm hành chính trong hoạt động thủy sản. Chương III quy định chi tiết thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính và áp dụng biện pháp  khắc phục hậu quả trong hoạt động thủy sản của các cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền.