Nghị định quy định mức phạt tiền tối đa là 100 triệu đồng đối với cá nhân và 200 triệu đồng đối với tổ chức tùy theo từng hành vi vi phạm. Cụ thể, phạt tiền từ 05 - 10 triệu đồng đối với hành vi sử dụng nước không đạt quy chuẩn kỹ thuật để sản xuất, kinh doanh thực phẩm, phụ gia thực phẩm, chất hỗ trợ chế biến thực phẩm hoặc sử dụng các hóa chất tẩy rửa, sát trùng trong sản xuất, kinh doanh thực phẩm không theo quy định; phạt tiền lần lượt từ 20 - 40 triệu đồng; 30 - 50 triệu đồng và 70 - 100 triệu đồng đối với các nhân có hành vi sử dụng hóa chất không có trong danh mục được phép sử dụng, hóa chất không rõ nguồn gốc để sản xuất, chế biến thực phẩm; sử dụng nguyên liệu không bảo đảm an toàn thực phẩm để sản xuất, chế biến thực phẩm và sử dụng hóa chất bị cấm sử dụng trong sản xuất, chế biến thực phẩm để sản xuất, chế biến thực phẩm.

Mức phạt tiền từ 70 - 100 triệu đồng cũng được áp dụng đối với hành vi sử dụng nguyên liệu không thuộc loại dùng làm thực phẩm để sản xuất, chế biến thực phẩm; sử dụng động vật mắc bệnh truyền nhiễm, động vật chết do bệnh, dịch bệnh hoặc chết không rõ nguyên nhân, buộc phải tiêu hủy theo yêu cầu của cơ quan Nhà nước có thẩm quyền hoặc nguyên liệu thực phẩm có chứa tạp chất được đưa vào không bảo đảm an toàn thực phẩm để sản xuất, chế biến thực phẩm...

Đối với hành vi sử dụng sản phẩm động vật trên cạn chưa qua kiểm tra vệ sinh thú y theo quy định để sản xuất, chế biến thực phẩm, phạt tiền bằng 80% - 100% tổng giá trị thực phẩm vi phạm tại thời điểm vi phạm nhưng số tiền phạt không quá 100 triệu đồng hoặc 200 triệu đồng (đối với tổ chức).

Về thẩm quyền xử phạt của Thanh tra, Điều 33 của Nghị định quy định:

1. Thanh tra viên, người được giao thực hiện nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành về an toàn thực phẩm và các lĩnh vực liên quan đến an toàn thực phẩm thuộc các ngành: y tế, nông nghiệp và phát triển nông thôn, công thương đang thi hành công vụ có quyền:

a) Phạt cảnh cáo;

b) Phạt tiền đến 500.000 đồng;

c) Tịch thu tang vật, phương tiện được sử dụng để vi phạm hành chính có giá trị không vượt quá mức tiền phạt quy định tại Điểm b Khoản này;

d) Áp dụng biện pháp khắc phục hậu quả quy định tại Điểm đ Khoản 1 Điều 28 của Luật xử lý vi phạm hành chính.

2. Chánh thanh tra Sở Y tế, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Sở Công Thương; Thủ trưởng cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành về an toàn thực phẩm và các lĩnh vực liên quan đến an toàn thực phẩm thuộc Sở Y tế, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Sở Công Thương; Trưởng đoàn thanh tra chuyên ngành cấp sở, Trưởng đoàn thanh tra chuyên ngành của cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành về an toàn thực phẩm và các lĩnh vực liên quan đến an toàn thực phẩm thuộc các ngành: Y tế, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Công Thương có quyền:

a) Phạt cảnh cáo;

b) Phạt tiền đến 50.000.000 đồng;

c) Tước quyền sử dụng giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm có thời hạn hoặc đình chỉ hoạt động có thời hạn;

d) Tịch thu tang vật, phương tiện được sử dụng để vi phạm hành chính có giá trị không vượt quá mức tiền phạt quy định tại Điểm b Khoản này;

đ) Áp dụng biện pháp khắc phục hậu quả quy định tại Khoản 3 Điều 3 Nghị định này.

3. Trưởng đoàn thanh tra chuyên ngành cấp bộ thuộc các Bộ: Y tế, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Công Thương có quyền:

a) Phạt cảnh cáo;

b) Phạt tiền đến 70.000.000 đồng;

c) Tước quyền sử dụng giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm có thời hạn hoặc đình chỉ hoạt động có thời hạn;

d) Tịch thu tang vật, phương tiện được sử dụng để vi phạm hành chính có giá trị không vượt quá mức tiền phạt quy định tại Điểm b Khoản này;

đ) Áp dụng biện pháp khắc phục hậu quả quy định tại Khoản 3 Điều 3 Nghị định này.

4. Chánh Thanh tra Bộ Y tế, Chánh Thanh tra Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Chánh Thanh tra Bộ Công Thương, Thủ trưởng cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành về an toàn thực phẩm và các lĩnh vực liên quan đến an toàn thực phẩm thuộc Bộ Y tế, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Bộ Công Thương có quyền:

a) Phạt cảnh cáo;

b) Phạt tiền đến mức tối đa theo quy định tại Nghị định này;

c) Tước quyền sử dụng giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm có thời hạn hoặc đình chỉ hoạt động có thời hạn;

d) Tịch thu tang vật, phương tiện được sử dụng để vi phạm hành chính;

đ) Áp dụng biện pháp khắc phục hậu quả quy định tại Khoản 3 Điều 3 Nghị định này.

Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 31/12/2013.