Đối với các vi phạm quy định về bảo vệ môi trường như xả rác, xả chất thải khác xuống cầu cảng hoặc vùng nước cảng biển; không có kế oạch ứng cứu sự cố tràn dầu theo quy định đối với cảng xăng dầu bị phạt từ 5 đến 10 triệu đồng. Phạt tiền từ 30 đến 50 triệu đồng đối với hành vi xả nước có lẫn dầu xuống cầu cảng hoặc vùng nước cảng biển; mức phạt sẽ từ 50 đến 100 triệu đồng khi tổ chức, cá nhân xả nước hoặc chất thải rắn có lẫn hóa chất độc hại xuống cầu cảng hoặc vùng cảng biển.

Nghị định cũng quy định: Phạt tiền từ 5 đến 10 triệu đồng khi tổ chức, cá nhân cho tàu thuyền vào cảng hoặc neo đậu tại vùng nước cảng biển khi chưa được phép của Cảng vụ hàng hải; tự ý bốc, dỡ hàng hóa khi tàu thuyền chưa hoàn thành thủ tục vào cảng theo quy định; không có giấy chứng nhận an ninh bến cảng hoặc không thực hiện kế hoạch an ninh cảng biển theo quy định.

Đối với hành vi thi công công trình khi chưa được phép của cơ quan có thẩm quyền và để xảy ra tai nạn; thi công sai vị trí được phép và để xảy ra tai nạn; thi công công trình gây ô nhiễm môi trường bị phạt tiền từ 30 đến 60 triệu đồng…  

Thời hiệu cử phạt VPHC trong lĩnh vực hàng hải là 01 năm kể từ ngày hành vi VPHC được thực hiện. Đối với vi phạm về xây dựng cảng biển và công trình hàng hải; môi trường; xuất cảnh, nhập cảnh của tàu thuyền, thuyền viên và hành khách, thời hiệu xử phạt là 02 năm; quá thời hạn nêu trên, hành vi vi phạm không bị xử phạt nhưng vẫn bị áp dụng biện pháp khắc phục hậu quả.  

Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/09/2011 và thay thế Nghị định số 62/2006/NĐ-CP ngày 21/06/2006.