Theo đó, phí hoa tiêu hàng hải là nguồn thu thuộc ngân sách nhà nước; các công ty hoa tiêu trực tiếp thu phí hoa tiêu hàng hải thay vì trách nhiệm thu phí hoa tiêu hàng hải trước đây thuộc về Cảng vụ hàng hải. Nguồn kinh phí để thanh toán dịch vụ hoa tiêu hàng hải được lấy từ nguồn thu phí hoa tiêu hàng hải và được bổ sung từ nguồn ngân sách nhà nước.

Chính phủ cũng giao Bộ Giao thông Vận tải có trách nhiệm xây dựng, ban hành định mức kinh tế kỹ thuật dịch vụ hoa tiêu hàng hải và tổ chức thực hiện việc đặt hàng cung ứng dịch vụ hoa tiêu hàng hải trong phạm vi cả nước.

Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với Bộ Giao thông Vận tải hướng dẫn cơ chế đặt hàng cung ứng dịch vụ hoa tiêu hàng hải, chế độ quản lý thu, nộp và sử dụng phí hoa tiêu hàng hải theo quy định của pháp luật về phí, lệ phí và phù hợp với tình hình thực tế về tổ chức và hoạt động của hoa tiêu hàng hải.

Nghị định có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/09/2011.