Đối với các loại khoáng sản là kim loại, mức thu phí bảo vệ môi trường đối với quặng vàng, bạc, thiếc, chì, kẽm, cô ban, mô lip đen, thủy ngân, ma nhê và bạch kim tối thiểu là 180.000 đồng, tối đa là 270.000 đồng/tấn; quặng sắt, đất hiếm, cromit mức thu từ 40.000 đồng đến 60.000 đồng; đối với quặng nhôm, bô xít và măng gan mức thu là từ 30.000 đồng đến 50.000 đồng…

Mức thu phí bảo vệ môi trường đối với khoáng sản là than tối thiểu 6.000 đồng và tối đa 10.000 đồng/tấn; đá ốp lát, làm mỹ nghệ từ 50.000 đồng đến 70.000 đồng/m3, đây cũng là mức thu đối với quặng đá quý như: kim cương, rubi, saphia, thạch anh…

Căn cứ mức thu phí quy định nêu trên, Hội đồng Nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quyết định cụ thể mức thu phí bảo vệ môi trường đối với từng kim loại khoáng sản áp dụng tại địa phương cho phù hợp với tình hình thực tế trong từng thời kỳ. Mức phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản tận thu bằng 60% mức phí của loại khoáng sản tương ứng nêu trên.

Cũng theo Nghị định này, phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản, không kể dầu thô và khí thiên nhiên là khoản thu ngân sách địa phương hưởng 100% để hỗ trợ cho công tác bảo vệ và đầu tư cho môi trường tại địa phương nơi có hoạt động khai thác khoáng sản. Phí bảo vệ môi trường đối với dầu thô và khí thiên nhiên là khoản thu ngân sách Trung ương hưởng 100% để hỗ trợ cho công tác bảo vệ và đầu tư cho môi trường.

Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/01/2012; thay thế các Nghị định số 63/2008/NĐ-CP ngày 13/05/2008 và số 82/2009/NĐ-CP ngày 12/10/2009.