Theo đó, đơn khiếu nại, đơn tố cáo, đơn phản ánh, kiến nghị liên quan đến khiếu nại, tố cáo được tiếp nhận từ các nguồn: do cơ quan, tổ chức trực tiếp gửi đến; do đại biểu Quốc hội, đại biểu Hội đồng nhân dân, Ủy ban Mặt trận Tổ quốc Việt Nam và các thành viên của Mặt trận, các cơ quan báo chí và các cơ quan khác chuyển đến; được gửi đến qua dịch vụ bưu chính. Thủ trưởng cơ quan hành chính nhà nước có trách nhiệm xử lý đơn tiếp nhận được từ các nguồn nói trên trong thời hạn 10 ngày kể từ ngày nhận được đơn. Việc xử lý đơn phải tuân theo quy định của pháp luật, đảm bảo tính khoa học, khách quan, trung thực, chính xác, kịp thời.

Đơn khiếu nại thuộc thẩm quyền giải quyết và đủ điều kiện thụ lý theo quy định thì cán bộ xử lý đơn đề xuất thủ trưởng cơ quan thụ lý để giải quyết. Đơn khiếu nại thuộc thẩm quyền giải quyết nhưng không đủ điều kiện thụ lý theo quy định thì cán bộ xử lý đơn đề xuất thủ trưởng cơ quan trả lời cho người khiếu nại biết rõ lý do không được thụ lý. Đơn khiếu nại không thuộc thẩm quyền giải quyết thì cán bộ xử lý đơn trình thủ trưởng cơ quan hướng dẫn người khiếu nại gửi đơn khiếu nại đến cơ quan, đơn vị, người có thẩm quyền để được giải quyết theo quy định của pháp luật; đơn khiếu nại thuộc thẩm quyền giải quyết của cấp dưới nhưng quá thời hạn theo quy định của Luật Khiếu nại, tố cáo mà chưa được giải quyết thì cán bộ xử lý đơn đề xuất với thủ trưởng cơ quan ra văn bản yêu cầu cấp dưới giải quyết vụ việc khiếu nại đó. Trường hợp đơn khiếu nại có kèm theo giấy tờ, tài liệu gốc không được thụ lý để giải quyết thì cơ quan nhận được đơn sau khi xử lý xong đơn phải trả lại người khiếu nại giấy tờ, tài liệu đó; nếu được thụ lý để giải quyết thì việc trả lại được thực hiện ngay sau khi ban hành quyết định giải quyết khiếu nại.

Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 11/10/2010.