Về cơ bản Thông tư số 06/2013/TT-TTCP một mặt đã kế thừa những quy định còn phù hợp của Thông tư 01/2009/TT-TTCP; mặt khác cũng điều chỉnh, bổ sung nhiều nội dung dựa trên cơ sở Luật Tố cáo được Quốc hội khoá XIII, kỳ họp thứ 2 thông qua ngày 11 tháng 11 năm 2011 và có hiệu lực thi hành từ ngày 01/7/2012, Nghị định số 76/2012/NĐ-CP ngày 03/10/2012 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Tố cáo đồng thời cụ thể hoá những vấn đề có tính chất nghiệp vụ hoặc xuất phát từ yêu cầu thực tiễn của hoạt động giải quyết tố cáo. 

Về đối tượng áp dụng: Điều 2 của Thông tư số 06/2013/TT-TTCP qui định đối tượng áp dụng cụ thể như sau: Cơ quan hành chính nhà nước, đơn vị sự nghiệp công lập, doanh nghiệp nhà nước; cơ quan, tổ chức, đơn vị do cơ quan hành chính nhà nước, đơn vị sự nghiệp công lập, doanh nghiệp nhà nước quyết định thành lập; người giải quyết tố cáo, người được giao nhiệm vụ xác minh nội dung tố cáo thuộc cơ quan, tổ chức, đơn vị nêu trên; người tố cáo, người bị tố cáo, cơ quan, tổ chức, đơn vị, cá nhân có liên quan đến nội dung tố cáo thuộc thẩm quyền giải quyết của người đứng đầu cơ quan, tổ chức, đơn vị nêu trên.

Quy trình xử lý tố cáo theo Thông tư số 06/2013/TT-TTCP quy định đối với tố cáo hành vi vi phạm pháp luật về quản lý nhà nước trong các lĩnh vực có nội dung rõ ràng, chứng cứ cụ thể, có cơ sở để xử lý ngay thì việc giải quyết tố cáo được thực hiện theo trình tự: Người có thẩm quyền tiếp nhận, xử lý thông tin tố cáo; trường hợp tố cáo hành vi vi phạm pháp luật thuộc lĩnh vực mà mình quản lý, người tiếp nhận tố cáo phải trực tiếp tiến hành hoặc báo cáo người có thẩm quyền giải quyết tố cáo tiến hành ngay việc xác minh nội dung tố cáo, áp dụng biện pháp cần thiết để đình chỉ hành vi vi phạm và kịp thời lập biên bản về hành vi vi phạm pháp luật (nếu có). Việc xác minh, kiểm tra thông tin về người tố cáo được thực hiện trong trường hợp người giải quyết tố cáo thấy cần thiết cho quá trình xử lý hành vi bị tố cáo. Người giải quyết tố cáo ra quyết định xử lý hành vi vi phạm theo thẩm quyền hoặc đề nghị cơ quan có thẩm quyền xử lý theo quy định của pháp luật. Đồng thời, Thông tư số 06/2013/TT-TTCP cũng quy định 01 thủ tục để áp dụng đó là công khai kết quả giải quyết tố cáo (bao gồm cả việc thông báo kết quả giải quyết tố cáo cho người tố cáo).

Về xử lý tố cáo trong trường hợp người tố cáo rút tố cáo:

Thực tiễn đang đặt ra nhiều trường hợp người tố cáo xin rút tố cáo nhưng chưa có quy định nào điều chỉnh. Do đó Thông tư số 06/2013/TT-TTCP đã quy định trong trường hợp người tố cáo xin rút nội dung tố cáo và xét thấy việc rút tố cáo là có căn cứ thì người giải quyết tố cáo không xem xét, giải quyết. Trong trường hợp xét thấy hành vi vi phạm pháp luật vẫn chưa được phát hiện và xử lý thì người giải quyết tố cáo vẫn xem xét, giải quyết theo quy định của pháp luật. Trong trường hợp có căn cứ cho rằng việc rút tố cáo do người tố cáo bị đe dọa, ép buộc thì người giải quyết tố cáo phải áp dụng các biện pháp để bảo vệ người tố cáo, xử lý nghiêm đối với người đe dọa, ép buộc người tố cáo, đồng thời phải xem xét, giải quyết tố cáo theo quy định của pháp luật. Trong trường hợp người tố cáo xin rút nội dung tố cáo nhằm che giấu hành vi vi phạm pháp luật, trốn tránh trách nhiệm hoặc vì vụ lợi thì tùy theo tính chất, mức độ vi phạm, người tố cáo sẽ bị xem xét, xử lý theo quy định pháp luật.

Về việc tiếp nhận, xử lý tố cáo tiếp:

Luật Tố cáo năm 2011 có quy định mới về giải quyết lại tố cáo tiếp, do đó Thông tư số 06/2013/TT-TTCP đã quy định cụ thể thủ tục tiếp nhận, xử lý tố cáo tiếp và đặc biệt là lần đầu tiên đưa ra quy định tại Khoản 2 Điều 8 về 06 dấu hiệu để cơ quan có thẩm quyền phải thụ lý, giải quyết tố cáo tiếp:

- Có vi phạm pháp luật nghiêm trọng về trình tự, thủ tục giải quyết tố cáo có thể làm thay đổi kết quả giải quyết tố cáo;

- Có sai lầm trong việc áp dụng pháp luật khi kết luận nội dung tố cáo;

- Kết luận nội dung tố cáo không phù hợp với những chứng cứ thu thập được;

- Việc xử lý người bị tố cáo và các tổ chức, cá nhân liên quan không phù hợp với tính chất, mức độ của hành vi vi phạm pháp luật đã được kết luận;

- Có bằng chứng về việc người giải quyết tố cáo hoặc người kiểm tra, xác minh nội dung tố cáo đã cố ý làm sai lệch hồ sơ vụ việc;

- Có dấu hiệu vi phạm pháp luật nghiêm trọng của người bị tố cáo nhưng chưa được phát hiện.

Quy định về báo cáo kết quả xác minh nội dung tố cáo của cơ quan, tổ chức được người giải quyết tố cáo giao xác minh nội dung tố cáo: