Tuy nhiên, trong trường hợp dự án đầu tư tại nước ngoài phải chấm dứt hoạt động có phát sinh khoản lỗ chưa được bù trừ hết mà doanh nghiệp Việt Nam phải gánh chịu thì doanh nghiệp Việt Nam được kê khai, bù trừ số lỗ này vào thu nhập chịu thuế của doanh nghiệp Việt Nam.

Việc bù trừ số lỗ này được tính từ kỳ tính thuế thu nhập doanh nghiệp tiếp theo phù hợp với quy định của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp. Thời gian chuyển lỗ tính liên tục không quá 05 năm, kể từ năm doanh nghiệp Việt Nam tiếp nhận khoản lỗ chưa được bù trừ hết như quy định nêu trên.

Đồng thời số lỗ được chuyển bằng số vốn đầu tư ra nước ngoài đã giải ngân, tối đa không vượt quá số vốn đã thực hiện đầu tư ra nước ngoài để hoạt động đầu tư theo Giấy chứng nhận đầu tư ra nước ngoài do Bộ Kế hoạch và Đầu tư cấp.

Thông tư cũng hướng dẫn cụ thể về hồ sơ đính kèm khi kê khai và quyết toán thuế của doanh nghiệp Việt Nam đầu tư ra nước ngoài đối với khoản lỗ từ dự án đầu tư cũng như trách nhiệm của cơ quan thuế khi tiếp nhận, kiểm tra và xử lý hồ sơ của doanh nghiệp.

Trường hợp hồ sơ đầy đủ thì trong 10 ngày làm việc kể từ ngày nhận hồ sơ, thực hiện kiểm tra đối chiếu các tài liệu, chứng từ trong hồ sơ với nội dung hướng dẫn tại Thông tư này để xác định số lỗ được chuyển, tính thống nhất và chính xác của hồ sơ và hướng dẫn doanh nghiệp xử lý lỗ theo quy định.

Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 26/08/2011.