Theo hướng dẫn tại Thông tư này từ ngày 09/9/2010 thì mức thu lệ phí cấp Giấy chứng nhận , mức thu lệ phí cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sử hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất tối đa không quá 100.000 đồng/giấy đối với cấp mới và tối đa không quá 50.000 đồng/lần cấp đối với cấp lại (kể cả cấp lại giấy chứng nhận do hết chỗ xác nhận), cấp đổi, xác nhận bổ sung vào giấy chứng nhận. Mức thu này được áp dụng đối với hộ gia đình, cá nhân tại các quận thuộc thành phố trực thuộc Trung ương, phường nội thành thuộc thành phố hoặc thị xã trực thuộc tỉnh. Trường hợp giấy chứng nhận cấp cho hộ gia đình, cá nhân chỉ có quyền sử dụng đất (không có nhà và tài sản khác gắn liền với đất) thì áp dụng mức thu tối đa không quá 25.000 đồng/giấy cấp mới; tối đa không quá 20.000 đồng/lần cấp đối với cấp lại. Đối với tổ chức: mức thu tối đa không quá 500.000 đồng/giấy; trường hợp giấy chứng nhận cấp cho tổ chức chỉ có quyền sử dụng đất (không có nhà và tài sản khác gắn liền với đất) thì áp dụng mức thu tối đa không quá 100.000 đồng/giấy; trường hợp cấp lại (kể cả cấp lại giấy chứng nhận do hết chỗ xác nhận), cấp đổi, xác nhận bổ sung vào giấy chứng nhận: mức thu tối đa không quá 50.000 đồng/lần cấp.

Thông tư quy định miễn nộp lệ phí cấp giấy chứng nhận đối với trường hợp đã được cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở và quyền sử dụng đất ở, giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở, giấy chứng nhận quyền sở hữu công trình xây dựng trước ngày Nghị định số 88/2009/NĐ-CP ngày 19/10/2009 của Chính phủ quy định việc cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất có hiệu lực thi hành (ngày 10/12/2009) mà có nhu cầu cấp đổi giấy chứng nhận. Trường hợp hộ gia đình, cá nhân tại các quận thuộc thành phố trực thuộc Trung ương và các phường nội thành thuộc thành phố, thị xã trực thuộc tỉnh được cấp giấy chứng nhận ở nông thôn thì không được miễn lệ phí cấp giấy chứng nhận.

Thông tư này có hiệu lực thi hành sau 45 ngày, kể từ ngày ký.