Cụ thể, thay nội dung của Điều 1 quy định về Danh mục hàng hóa kiểm tra trước khi hoàn thuế giá trị gia tăng bằng quy định về quản lý hải quan, quản lý thuế. Theo Điều 1 mới này, hàng hóa từ nội địa Việt Nam hoặc từ các khu chức năng khác trong khu kinh tế cửa khẩu đưa vào khu phi thuế quan thuộc khu kinh tế cửa khẩu không được mở tờ khai hải quan hàng hóa xuất khẩu bao gồm: bia các loại; nước giải khát, rượu và thức uống có cồn rượu; thuốc lá điếu các loại, xì gà; điện thoại di động, thẻ cào điện thoại di động; ô tô các loại; xe gắn máy các loại; xăng dầu. Cơ sở kinh doanh kê khai, nộp các loại thuế đối với những mặt hàng này như bán hàng trong nội địa Việt Nam. Hàng hóa từ nội địa Việt Nam hoặc các khu chức năng khác trong khu kinh tế cửa khẩu đưa vào khu phi thuế quan thuộc khu kinh tế cửa khẩu thực hiện mở tờ khai hải quan hàng hóa xuất khẩu, được áp dụng thuế suất thuế GTGT 0% nếu đáp ứng các điều kiện theo quy định của pháp luật về thuế GTGT nhưng phải kiểm tra trước khi hoàn thuế GTGT, bao gồm: mỳ, miến, cháo, phở ăn liền; bánh kẹo các loại; xà phòng, bột giặt, dầu gội đầu, dầu tắm, kem đánh răng; sữa các loại, bột dinh dưỡng, dầu ăn và các loại gaz sử dụng cho các loại thiết bị lạnh.
 
Hàng hóa ngoài các mặt hàng nói trên từ nội địa Việt Nam hoặc các khu chức năng khác trong khu kinh tế cửa khẩu đưa vào khu phi thuế quan thuộc khu kinh tế cửa khẩu được mở tờ khai hải quan hàng hóa xuất khẩu và áp dụng thủ tục kiểm tra, hoàn các loại thuế theo quy định của pháp luật hải quan và pháp luật về thuế hiện hành.

Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày ký. Bãi bỏ Phụ lục I Danh mục hàng hóa kiểm tra trước khi  hoàn thuế GTGT áp dụng đối với hàng hóa, dịch vụ từ các khu chức năng khác trong khu kinh tế cửa khẩu và hàng hóa, dịch vụ từ nội địa Việt Nam đưa vào khu phi thuế quan thuộc khu kinh tế cửa khẩu được áp dụng mức thuế suất thuế GTGT là 0% ban hành kèm theo Thông tư số 137/2009/TT-BTC.