Cụ thể, chưa hướng dẫn trình tự, thủ tục một số quyền như quyền quyết định tạm đình chỉ việc làm khi xét thấy việc làm đó gây thiệt hại nghiêm trọng đến lợi ích của nhà nước, quyền và lợi ích hợp pháp của cơ quan, tổ chức, cá nhân; quyền kiến nghị tạm đình chỉ việc thi hành quyết định kỷ luật, thuyên chuyển công tác, cho nghỉ hưu đối với người đang cộng tác với cơ quan Thanh tra hoặc đang là đối tượng thanh tra nếu xét thấy việc thi hành quyết định đó gây trở ngại cho việc thanh tra...
Theo quy định của Luật Thanh tra, người ra quyết định thanh tra, trưởng đoàn thanh tra có quyền yêu cầu tổ chức Kho bạc Nhà nước, ngân hàng, cơ quan tín dụng… phong tỏa tài khoản của cơ quan, tổ chức, cá nhân là đối tượng thanh tra để bảo đảm ngăn chặn việc tẩu tán tài sản hoặc có hành vi làm thay đổi hiện trạng, chứng cứ ảnh hưởng đến kết luận thanh tra.
Về trình tự, thủ tục thực hiện quyền phong toả tài khoản đã dược quy định tại Thông tư liên tịch số 07/2015/TTLT-TTCP-NHNN ngày 25/11/2015 của Tổng Thanh tra Chính phủ và Thống đốc Ngân hàng Nhà nước Việt Nam hướng dẫn việc phong tỏa tài khoản của đối tượng thanh tra. Tuy nhiên, qua thời gian áp dụng, đã bộc lộ một số bất cập, cụ thể: Thông tư chưa hướng dẫn cụ thể về phạm vi phong toả, số tiền phong toả là số tiền có liên quan đến sai phạm theo quyết định xử lý về thanh tra hay là số tiền thực có trong tài khoản; khi hết thời gian phong toả mà đối tượng không thực hiện đầy đủ quyết định thu hồi tiền, tài sản thì xử lý như thế nào? Trong trường hợp đối tượng thanh tra có tài khoản tại nhiều ngân hàng thì việc phong tỏa được thực hiện như thế nào và xử lý ra sao nếu ngân hàng nơi đối tượng thanh tra có tài khoản không hợp tác với cơ quan thanh tra?... Đây là những vấn đề còn bất cập, gây khó khăn, lúng túng đối với những người tiến hành thanh tra.
Bên cạnh đó, theo Luật, cơ quan thanh tra lại không có thẩm quyền khởi tố hình sự nên mọi vụ việc cơ quan phát hiện có “dấu hiệu tội phạm” đều phải chuyển qua Cơ quan điều tra, điều này làm giảm đi tính chủ động trong hoạt động thanh tra chuyên ngành, đảm bảo xử lý nhanh nhạy, kịp thời các hành vi vi phạm.
Theo quy định tại Điều 164 Bộ luật Tố tụng hình sự năm 2015, cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra ra quyết định khởi tố vụ án hình sự trong các trường hợp sau:
Đơn vị Bộ đội biên phòng, cơ quan Hải quan, cơ quan Kiểm lâm, lực lượng cảnh sát biển, kiểm ngư có thẩm quyền khởi tố vụ án khi phát hiện hành vi có dấu hiệu tội phạm trong lĩnh vực các địa bàn quản lý của mình. Thẩm quyền ra quyết định khởi tố vụ án hoặc quyết định không khởi tố vụ án thuộc về người đứng đầu hoặc cấp phó của người đứng đầu trong các cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra.
Việc các cơ quan này được trao quyền khởi tố, điều tra ban đầu xuất phát từ những lý do cơ bản sau đây: Địa hình phát hiện các vụ việc phạm tội ở biên giới, hải đảo; hành vi phạm tội rõ ràng, có thể nhận biết ngay đã thỏa mãn các yếu tố của cấu thành tội phạm hay không. Ví dụ đối với hành vi buôn lậu, có thể nhận biết chủ thể thực hiện hành vi khách quan (mang hàng hóa qua biên giới và không có giấy tờ hợp pháp nhằm trốn thuế) là có thể bắt giữ, khởi tố vụ án hình sự và điều tra ban đầu.
Việc khởi tố vụ án hình sự nhằm ngăn chặn ngay hành vi phạm tội của các đối tượng phạm tội, giúp cơ quan có thẩm quyền tạm giữ người, tang vật của vụ án, khám xét người và lấy lời khai ban đầu phục vụ quá trình điều tra vụ án của Cơ quan điều tra.
So sánh với tính chất, nhiệm vụ của cơ quan Thanh tra cho thấy, có những nét tương đồng với các cơ quan nêu trên, nhất là với tính chất và hoạt động của thanh tra chuyên ngành (ví dụ như hoạt động thanh tra chuyên ngành Tài nguyên và Môi trường; Vệ sinh an toàn thực phẩm…) có thể nhận biết các dấu hiệu cấu thành tội phạm và cần khởi tố vụ án hình sự nhằm ngặn chặn hành vi phạm tội.
Ngoài ra, đối với hoạt động thanh tra hành chính thì hoạt động thanh tra kinh tế - xã hội cũng có thể áp dụng thẩm quyền này khi tiến hành thanh tra. Bởi vì dấu hiệu tội phạm của một số tội dễ nhận biết và cần khởi tố để ngăn chặn hành vi phạm tội.
Mặc dù để được trao quyền khởi tố điều tra ban đầu cần phải tiến hành nghiên cứu toàn diện về vị trí, chức năng, nhiệm vụ, mối quan hệ với các cơ quan có thẩm quyền… của cơ quan thanh tra mới có thể đưa ra được kiến nghị chính xác, khoa học. Tuy nhiên, qua nghiên cứu bước đầu cho thấy đây là thẩm quyền quan trọng, phù hợp với tính chất, hoạt động của cơ quan Thanh tra.
Việc trao thẩm quyền khởi tố điều tra ban đầu sẽ giúp nâng cao vị thế của cơ quan Thanh tra trong mối quan hệ phối hợp giữa Cơ quan Điều tra và Viện Kiểm sát. Bởi khi đó, mối quan hệ phối hợp giữa các cơ quan này là mối quan hệ tố tụng, được điều chỉnh bởi Bộ luật Tố tụng hình sự và thẩm quyền, trách nhiệm của mỗi bên trong mối quan hệ này được quy định đầy đủ và có nhiều sự ràng buộc chặt chẽ. Việc trao thẩm quyền này cũng sẽ giúp cơ quan thanh tra thực hiện tốt hơn công tác quản lý nhà nước về phòng, chống tham nhũng, mà một trong nhiệm vụ của công tác này là phát hiện tham nhũng, được thực hiện thông qua chức năng thanh tra./.