Thực hiện phương án chuyển đổi doanh nghiệp được UBND tỉnh Bắc Giang phê duyệt, Công ty bắt đầu hoạt động theo mô hình công ty TNHH hai thành viên từ tháng 2 năm 2019. Qua hơn một năm hoạt động theo mô hình mới, tình hình sản xuất kinh doanh của Công ty được duy trì ổn định và từng bước phát triển. Các chỉ tiêu sản xuất kinh doanh năm 2019 đều vượt kế hoạch: Doanh thu vượt kế hoạch 18%; nộp ngân sách nhà nước vượt kế hoạch 15%. Thu nhập của người lao động tăng 17% so với năm trước. Vốn nhà nước tại doanh nghiệp được bảo toàn và phát triển. Quản trị doanh nghiệp được đổi mới theo hướng tách riêng chức năng sở hữu vốn của các thành viên với chức năng quản lý của Hội đồng thành viên và chức năng điều hành sản xuất kinh doanh của Ban giám đốc. Hiện tại vốn nhà nước chiếm 85% giá trị vốn của Công ty. UBND tỉnh quản lý phần vốn nhà nước thông qua người đại diện vốn tại doanh nghiệp. Với mô hình quản lý như trên, chức năng nhiệm vụ được phân định rõ ràng, cụ thể, giúp cho quá trình chỉ đạo, quản lý, điều hành được thông suốt, làm rõ trách nhiệm của từng cá nhân trong việc quản lý, điều hành hoạt động của Công ty.

Công ty lâm nghiệp Yên Thế là đơn vị có truyền thống quan tâm ứng dụng tiến bộ khoa học kỹ thuật vào sản xuất kinh doanh rừng trồng. Công ty đã có nhiều năm hợp tác với các đơn vị đầu ngành về nghiên cứu phát triển giống cây lâm nghiệp như Viện Nghiên cứu Giống và Công nghệ sinh học Lâm nghiệp, Viện Nghiên cứu cây nguyên liệu giấy để nghiên cứu, thử nghiệm và đưa các giống cây lâm nghiệp tốt, phù hợp với đặc điểm thổ nhưỡng, khí hậu vào trồng rừng ở địa phương. Công ty cũng thường xuyên phối hợp với các cơ sở nghiên cứu như Viện Khoa học Lâm nghiệp Việt Nam, Viện Phát triển Công nghệ Cơ - Điện thuộc Học viện Nông nghiệp Việt Nam, Công ty TNHH Công nghệ xanh Thành Châu nghiên cứu, thử nghiệm quy trình kỹ thuật, máy làm đất, máy xử lý thực bì, các loại phân hữu cơ vi sinh áp dụng vào thực tiễn sản xuất kinh doanh rừng. Từ kết quả ứng dụng tại Công ty, các tiến bộ kỹ thuật thâm canh rừng trồng đã được phổ biến rộng rãi để người dân học và làm theo, góp phần nâng cao giá trị sản xuất lâm nghiệp của địa phương.

Công ty cũng là đơn vị đầu tiên và duy nhất hiện nay tại tỉnh Bắc Giang được cấp chứng nhận quản lý rừng bền vững quốc tế FSC. Nhận thức được phát triển kinh tế phải đi đôi với bảo vệ môi trường, Công ty thường xuyên quan tâm thực hiện kinh doanh rừng bền vững. Đầu tháng 6 năm 2020, đoàn chuyên gia của Hội đồng quản trị rừng thế giới đã tiến hành kiểm tra, đánh giá công tác quản lý rừng tại Công ty theo định kỳ hằng năm. Nhìn chung rừng của Công ty được quản lý bảo vệ tốt theo nguyên tắc và tiêu chuẩn quốc tế, được các chuyên gia đánh giá cao.

Ngoài những kết quả đã đạt được, sản xuất kinh doanh của Công ty đang gặp phải một số khó khăn, vướng mắc, nhất là trong công tác quản lý bảo vệ rừng và đất lâm nghiệp, mặc dù đã được được các cấp, các ngành quan tâm giải quyết nhưng còn tiềm ẩn nguy cơ dẫn đến tranh chấp, lấn chiếm gây mất an ninh trật tự nông thôn miền núi. UBND tỉnh Bắc Giang đã chỉ đạo Sở Tài nguyên và Môi trường, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Công an tỉnh, UBND các huyện và Công ty tích cực phối hợp xử lý các vụ tranh chấp, lấn chiếm đất rừng. UBND huyện Yên Thế cũng tích cực chỉ đạo các cơ quan chức năng có thẩm quyền quyết liệt vào cuộc tuyên truyền vận động đến người dân hiểu rõ các chính sách pháp luật hiện hành. Được sự quan tâm chỉ đạo của UBND tỉnh và UBND huyện Yên Thế, sự phối hợp tích cực của các cơ quan chức năng, cùng với sự quyết tâm của cán bộ công nhân viên công ty, đất và rừng của Công ty tiếp tục được quan tâm bảo vệ, góp phần hạn chế phát sinh các vụ việc gây mất an ninh trật tự tại địa phương.