Trong đó đáng chú ý là quy định về các biện pháp bảo vệ bí mật thông tin người tố cáo; bảo vệ tính mạng, sức khỏe, tài sản, danh dự, nhân phẩm, vị trí công tác, việc làm của người tố cáo và người thân thích của người tố cáo... Theo đó, khi phát hiện người không có thẩm quyền có hành vi thu thập thông tin về người tố cáo, người giải quyết tố cáo có trách nhiệm áp dụng biện pháp theo thẩm quyền hoặc kiến nghị người có thẩm quyền áp dụng biện pháp ngăn chặn hoặc xử lý đối với người có hành vi vi phạm.

Trường hợp có căn cứ cho rằng việc tố cáo của mình bị người có thẩm quyền quản lý, sử dụng có hành vi trù dập, phân biệt đối xử hoặc thuyên chuyển công tác dẫn đến giảm thu nhập, gây thiệt hại đến quyền và lợi ích hợp pháp của mình, người tố cáo là cán bộ, công chức, viên chức có quyền yêu cầu người giải quyết tố cáo thực hiện các biện pháp bảo vệ cần thiết bằng văn bản. Các biện pháp bảo vệ có thể là: Thuyên chuyển công tác của người được bảo vệ sang cơ quan, tổ chức, đơn vị khác nếu có sự đồng ý của họ và ra quyết định xử lý theo thẩm quyền hoặc kiến nghị người có thẩm quyền xử lý theo quy định của pháp luật đối với người có hành vi trả thù, trù dập, đe dọa làm ảnh hưởng đến quyền và lợi ích hợp pháp của người được bảo vệ…

Nghị định này cũng quy định chi tiết về trường hợp nhiều người cùng tố cáo về một nội dung; công khai kết luận nội dung tố cáo, quyết định xử lý hành vi vi phạm bị tố cáo; bảo vệ người tố cáo; chế độ khen thưởng đối với người có thành tích trong việc tố cáo. Đối tượng áp dụng của Nghị định là công dân Việt Nam, cá nhân nước ngoài tại Việt Nam trong việc tố cáo; cơ quan, tổ chức, cá nhân có hành vi bị tố cáo; cơ quan, tổ chức, cá nhân có thẩm quyền giải quyết tố cáo và các cơ quan, tổ chức, cá nhân khác có liên quan trong việc giải quyết tố cáo.

Theo Nghị định, nếu có từ 05 đến 10 người tố cáo thì số người đại diện là 01 hoặc 02 người; trường hợp có từ 10 người tố cáo trở lên thì có thể cử thêm người đại diện, nhưng tối đa không quá 05 người. Nghị định quy định cụ thể trách nhiệm của cơ quan, tổ chức, cá nhân trong việc phối hợp xử lý trường hợp nhiều người cùng tố cáo; công khai kết luận nội dung tố cáo, quyết định xử lý hành vi vi phạm bị tố cáo; bảo vệ bí mật thông tin người tố cáo; bảo vệ tính mạng, sức khỏe, tài sản, danh dự, nhân phẩm, uy tín và các quyền nhân thân khác của người tố cáo và người thân thích của người tố cáo; bảo vệ vị trí công tác, việc làm của người tố cáo, người thân thích của người tố cáo; khen thưởng người có thành tích trong việc tố cáo.

Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 20 tháng 11 năm 2012 và thay thế các quy định về tố cáo và giải quyết tố cáo trong Nghị định số 136/2006/NĐ-CP ngày 14 tháng 01 năm 2006 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành Luật khiếu nại, tố cáo và các Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật khiếu nại, tố cáo.