Theo đó, kể từ 15/02/2013, Bộ Giao thông Vận tải có thêm một nhiệm vụ, chức năng mới là hợp tác công - tư. Cụ thể, Bộ Giao thông Vận tải được ban hành hoặc trình cấp có thẩm quyền ban hành các văn bản quy phạm pháp luật, chiến lược, kế hoạch đầu tư từ nguồn vốn đầu tư ngoài ngân sách cho các dự án kết cấu hạ tầng giao thông; trình Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ phê duyệt hoặc phê duyệt cơ chế chính sách thu hút nguồn vốn ngoài ngân sách cho các dự án đầu tư kết cấu hạ tầng giao thông và dịch vụ theo hình thức PPP, BOT, BT và BTO…
Cũng theo Nghị định này, Vụ Quản lý doanh nghiệp đã được bổ sung vào cơ cấu tổ chức của Bộ Giao thông Vận tải. Bên cạnh đó, vẫn giữ nguyên 25 cơ quan khác trực thuộc Bộ Giao thông Vận tải như: Vụ Kế hoạch - Đầu tư, Vụ Tài chính; Vụ An toàn giao thông; Vụ Vận tải; Tổng cục Đường bộ Việt Nam; Cục Hàng hải Việt Nam; Cục Hàng không Việt Nam; Cục Đăng kiểm Việt Nam; Báo Giao thông Vận tải; Tạp chí Giao thông Vận tải… Tổng số đơn vị trực thuộc Bộ Giao thông Vận tải là 26 đơn vị.

Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15/02/2013 và thay thế Nghị định số 51/2008/NĐ-CP ngày 22/04/2008.