Về số lượng Thứ trưởng trong mỗi Bộ, trước đây Nghị định số 178/2007/NĐ-CP quy định “số lượng Thứ trưởng ở mỗi Bộ không quá bốn người. Trường hợp đặc biệt do Thủ tướng Chính phủ quyết định”. Trong Nghị định mới này, Chính phủ giữ nguyên quy định về số lượng Thứ trưởng trong mỗi Bộ, tức là không quá 4 người. Đồng thời quy định rõ: “Đối với Bộ quản lý nhà nước nhiều ngành, lĩnh vực lớn, quan trọng, phức tạp, số lượng Thứ trưởng có thể nhiều hơn 04 người do Thủ tướng Chính phủ quyết định”.

Về cải cách hành chính, Nghị định 36/2012/NĐ-CP giao Bộ nhiệm vụ trình Chính phủ quyết định việc phân cấp nhiệm vụ quản lý nhà nước về ngành, lĩnh vực cho chính quyền địa phương. Đồng thời, thực hiện cải cách tổ chức bộ máy của Bộ bảo đảm tinh gọn, hợp lý, giảm đầu mối, bao quát đầy đủ chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Bộ theo phân công của Chính phủ. Thực hiện đổi mới phương thức làm việc, hiện đại hóa công sở, văn hóa công sở,…

Về tổ chức bộ máy, biên chế công chức và số lượng viên chức, Nghị định này bổ sung quy định, Bộ có nhiệm vụ: Xây dựng Danh mục vị trí việc làm, cơ cấu công chức theo ngạch và viên chức theo chức danh nghề nghiệp để xác định kế hoạch biên chế công chức hàng năm của Bộ và số lượng viên chức làm việc trong đơn vị sự nghiệp công lập hàng năm của Bộ gửi Bộ Nội vụ theo quy định của pháp luật.

Trong Nghị định này, đã làm rõ việc thành lập vụ phải đáp ứng các tiêu chí: Trước hết, phải có chức năng, nhiệm vụ tham mưu về quản lý nhà nước đối với ngành, lĩnh vực thuộc chức năng, nhiệm vụ của Bộ. Đồng thời phải có phạm vi, đối tượng quản lý theo ngành, lĩnh vực. Các tiêu chí nêu trên không áp dụng đối với việc thành lập các vụ tham mưu về công tác quản lý nội bộ của Bộ.

Đồng thời, Nghị định này bổ sung quy định: Văn phòng Bộ là tổ chức thuộc Bộ thực hiện chức năng tham mưu tổng hợp về chương trình, kế hoạch công tác và phục vụ các hoạt động của Bộ ; kiểm soát thủ tục hành chính theo quy định của pháp luật...

Đối với thanh tra Bộ, Nghị định bổ sung quy định: Thanh tra bộ là tổ chức thuộc Bộ, giúp Bộ trưởng thực hiện các quy định của pháp luật về công tác thanh tra; giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng chống tham nhũng. Thanh tra Bộ có con dấu, tài khoản riêng và được thành lập các phòng nghiệp vụ phù hợp với quy định của Luật Thanh tra.

Tổng cục là tổ chức thuộc Bộ, thực hiện chức năng tham mưu, giúp Bộ trưởng quản lý nhà nước và tổ chức thực thi pháp luật đối với chuyên ngành, lĩnh vực lớn, phức tạp trên phạm vi cả nước theo phân cấp, ủy quyền của Bộ trưởng.

Việc thành lập tổng cục phải đáp ứng các tiêu chí sau: 1- Có đối tượng quản lý nhà nước về chuyên ngành, lĩnh vực lớn, phức tạp, quan trọng đối với phát triển kinh tế-xã hội; 2- Chuyên ngành, lĩnh vực cần quản lý tập trung, thống nhất ở Trung ương, không phân cấp hoặc phân cấp hạn chế cho địa phương; 3- Được phân cấp, ủy quyền của Bộ trưởng để quyết định các vấn đề thuộc phạm vi quản lý nhà nước về chuyên ngành, lĩnh vực; 4-Tổ chức hoạt động sự nghiệp dịch vụ công thuộc chuyên ngành, lĩnh vực.

Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15 tháng 6 năm 2012 và thay thế Nghị định số 178/2007/NĐ-CP ngày 03 tháng 12 năm 2007 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ, cơ quan ngang Bộ; bãi bỏ các quy định trước đây trái với Nghị định này.