Theo quy định tại Nghị định này, Bộ Nội vụ có 23 đơn vị trực thuộc gồm 18 đơn vị hành chính như: Vụ Tổ chức - Biên chế, Vụ Công chức - Viên chức, Vụ Tiền lương… và 05 đơn vị sự nghiệp phục vụ chức năng quản lý Nhà nước của Bộ như: Trường Đại học Nội vụ Hà Nội, Viện Khoa học tổ chức Nhà nước, Tạp chí Tổ chức Nhà nước… Trong đó, đáng chú ý là quy định cho phép một số Vụ thuộc Bộ được tổ chức cấp phòng trực thuộc như:  Vụ Tổ chức - Biên chế được tổ chức thành 02 phòng, Vụ Chính quyền địa phương được tổ chức 04 phòng, Vụ Công chức - Viên chức được tổ chức 01 phòng, Vụ Kế hoạch - Tài chính được tổ chức 03 phòng, Thanh tra Bộ được tổ chức 03 phòng, Văn phòng Bộ được tổ chức 09 phòng và đại diện Văn phòng Bộ tại Thành phố Hồ Chí Minh và Thành phố Đà Nẵng.

Bên cạnh đó, ngoài các quyền hạn, nhiệm vụ được quy định tại Nghị định 36/2012/NĐ-CP ngày 18/04/2012, Chính phủ cũng giao cho Bộ Nội vụ 28 quyền hạn, nhiệm vụ cụ thể, thực hiện chức năng quản lý nhà nước về các ngành, lĩnh vực tổ chức hành chính, sự nghiệp Nhà nước; tôn giáo; văn thư, lưu trữ Nhà nước…

Nghị định này thay thế Nghị định số 48/2008/NĐ-CP ngày 17/04/2008 và có hiệu lực thi hành từ ngày 01/10/2012.