Đây là Nghị định được xây dựng trên cơ sở Luật số 26/2012/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế TNCN có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/7/2013 được Quốc hội thông qua ngày 22/11/2012, tại kỳ họp thứ tư Quốc hội khoá XIII. Nghị định này có một số quy định mới về thu nhập chịu thuế và cách tính thuế TNCN như sau:

Theo điểm b, Khoản 2, Điều 2 tại Nghị định 65/2013/NĐ-CP thì tăng thời hạn thuê nhà khi xác định đối tượng cư trú, cụ thể thời hạn thuê nhà được điều chỉnh tăng từ 90 lên 183 ngày khi xác định người nước ngoài là cá nhân cư trú tại Việt Nam.

Trường hợp cá nhân có nơi ở thường xuyên tại Việt Nam theo quy định nhưng thực tế có mặt tại Việt Nam dưới 183 ngày trong năm tính thuế mà cá nhân không chứng minh được là đối tượng cư trú của nước nào thì cá nhân đó là đối tượng cư trú tại Việt Nam.

Theo điểm b, Khoản 2, Điều 3 của Nghị định này, trợ cấp chuyển vùng được miễn thuế TNCN đối với cả cá nhân người Việt Nam đi làm ở nước ngoài, cụ thể: "Trợ cấp một lần đối với cá nhân khi chuyển công tác đến vùng có điều kiện kinh tế xã hội đặc biệt khó khăn, hỗ trợ một lần đối với cán bộ, công chức làm công tác về chủ quyền biển đảo theo quy định của pháp luật. Trợ cấp chuyển vùng một lần đối với người nước ngoài đến cư trú tại Việt Nam, người Việt Nam đi làm việc ở nước ngoài".

Ngoài ra, còn miễn thuế TNCN cho các loại phụ cấp:

- Phụ cấp phục vụ đối với lãnh đạo cấp cao

- Phụ cấp đối với nhân viên y tế thôn, bản

- Phụ cấp đặc thù ngành nghề.

Tuy nhiên, mỗi loại phụ cấp trên đây sẽ do Bộ ngành có liên quan quy định mức trần tối đa được miễn.

Theo điểm d, Khoản 2, Điều 3 thì người mua bảo hiểm nhân thọ hoặc các loại hình bảo hiểm tự nguyện khác khi được thanh toán các khoản phí tích lũy sẽ bị khấu trừ 10% trước khi chi trả.

Tiền lương hưu do Quỹ bảo hiểm xã hội chi trả theo quy định của Luật bảo hiểm xã hội, tiền lương hưu nhận được hàng tháng từ Quỹ hưu trí tự nguyện được miễn thuế TNCN. Cá nhân sinh sống, làm việc tại Việt Nam được miễn thuế đối với tiền lương hưu do nước ngoài trả. Tuy nhiên, khoản tiền phí tích lũy mua bảo hiểm nhân thọ, bảo hiểm không bắt buộc khác, tiền tích lũy đóng góp quỹ hưu trí tự nguyện, do người sử dụng lao động mua hoặc đóng góp cho người lao động. Trước khi trả tiền bảo hiểm, tiền lương hưu cho cá nhân, doanh nghiệp bảo hiểm, công ty quản lý quỹ hưu trí tự nguyện có trách nhiệm khấu trừ thuế theo tỷ lệ 10% đối với khoản tiền phí tích lũy, tiền tích lũy đóng góp quỹ tương ứng với phần người sử dụng lao động mua hoặc đóng góp cho người lao động từ ngày 01 tháng 7 năm 2013. 

Theo Điểm g, Khoản 2, Điều 3 miễn tính thuế TNCN đối với học phí mầm non, cụ thể: "Khoản tiền học phí cho con của người lao động nước ngoài học tại Việt Nam, con của người lao động Việt Nam đang làm việc ở nước ngoài học tại nước ngoài theo bậc học từ mầm non đến trung học phổ thông do người sử dụng lao động trả hộ”.

Cũng theo quy định tại Khoản 2 này, cơ quan thuế sẽ kiểm soát chặt chẽ thuế TNCN đối với những thu nhập thu được khi làm môi giới bất động sản: "Thu nhập chịu thuế tại khoản này bao gồm cả khoản thu nhập từ việc ủy quyền quản lý bất động sản mà người được ủy quyền có quyền chuyển nhượng bất động sản hoặc có quyền như người sở hữu bất động sản theo quy định của pháp luật”.

Mức giảm trừ gia cảnh:

+ Mức giảm trừ đối với người nộp thuế là 9 triệu đồng/tháng (108 triệu đồng/năm);

+ Mức giảm trừ cho mỗi người phụ thuộc mà người nộp thuế có nghĩa vụ nuôi dưỡng là 3,6 triệu đồng/tháng kể từ tháng phát sinh nghĩa vụ nuôi dưỡng.

Mức thu nhập làm căn cứ xác định người phụ thuộc được áp dụng giảm trừ là mức thu nhập bình quân tháng trong năm từ tất cả các nguồn thu nhập không vượt quá 1.000.000 đồng.

Đối tượng và căn cứ xác định người phụ thuộc mà người nộp thuế có nghĩa vụ nuôi dưỡng quy định:

+ Con (bao gồm con đẻ, con nuôi hợp pháp, con riêng của vợ, con riêng của chồng) từ 18 tuổi trở lên bị khuyết tật không có khả năng lao động;

+ Con (bao gồm con đẻ, con nuôi hợp pháp, con riêng của vợ, con riêng của chồng) đang học đại học, cao đẳng, trung học chuyên nghiệp, dạy nghề, kể cả con từ 18 tuổi trở lên đang học bậc học phổ thông mà không có thu nhập hoặc có thu nhập không vượt quá mức thu nhập quy định tại Khoản 4 Điều này;

+ Người ngoài độ tuổi lao động, người trong độ tuổi lao động theo quy định của pháp luật nhưng bị khuyết tật không có khả năng lao động mà không có thu nhập hoặc có thu nhập nhưng không vượt quá mức thu nhập quy định tại Khoản 4 Điều này, bao gồm:

- Vợ hoặc chồng của người nộp thuế;

- Cha đẻ, mẹ đẻ, cha dượng, mẹ kế, cha mẹ nuôi hợp pháp, cha vợ, mẹ vợ (hoặc cha chồng, mẹ chồng) của người nộp thuế;

- Cá nhân khác không nơi nương tựa mà người nộp thuế phải trực tiếp nuôi dưỡng.