Theo Nghị định, cuộc thanh tra hành chính do Thanh tra Bộ Tài chính tiến hành không quá 45 ngày, trường hợp phức tạp có thể kéo dài, nhưng không quá 70 ngày. Cuộc thanh tra hành chính do Thanh tra Sở Tài chính tiến hành không quá 30 ngày, trường hợp phức tạp có thể kéo dài, nhưng không quá 45 ngày.

Nội dung thanh tra bao gồm việc chấp hành chính sách, pháp luật, nhiệm vụ được giao của các cơ quan, tổ chức, cá nhân được thanh tra và việc chấp hành các quy định của pháp luật về thuế, phí, lệ phí, các khoản thu khác của ngân sách Nhà nước; hoạt động chào bán chứng khoán, niêm yết, giao dịch chứng khoán, đầu tư, dịch vụ về chứng khoán và thị trường chứng khoán…

Bên cạnh đó, Nghị định cũng có các quy định cụ thể về việc xử lý chồng chéo trong hoạt động thanh tra; thẩm quyền thanh tra; thanh tra lại các kết luận thanh tra ngành tài chính và trách nhiệm của các cơ quan, tổ chức, cá nhân trong hoạt động thanh tra ngành tài chính…

Nghị định quy định tổ chức, hoạt động của các cơ quan thực hiện chức năng thanh tra ngành tài chính; thanh tra viên, người được giao thực hiện nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành và cộng tác viên thanh tra ngành tài chính; trách nhiệm của các cơ quan, tổ chức trong hoạt động thanh tra ngành tài chính.

Nghị định này thay thế Nghị định số 81/2005/NĐ-CP ngày 22/06/2005 và có hiệu lực thi hành kể từ ngày 25/11/2012.