Theo đó, kể từ ngày 01/12/2012, cơ cấu tổ chức Thanh tra Chính phủ bao gồm 14 đơn vị giúp Tổng Thanh tra Chính phủ thực hiện chức năng quản lý nhà nước và 05 đơn vị sự nghiệp (Viện Khoa học Thanh tra, Trường Cán bộ Thanh tra, Báo Thanh tra, Tạp chí Thanh tra, Trung tâm thông tin). Trong đó, Vụ I, Vụ II, Vụ III, Vụ Giám sát, thẩm định và xử lý sau thanh tra, Vụ Kế hoạch, Tài chính và Tổng hợp, Vụ Hợp tác Quốc tế được tổ chức thành 03 phòng trực thuộc; Vụ Pháp chế; Vụ Tiếp dân và Xử lý đơn thư, Vụ Tổ chức cán bộ lần lượt được tổ chức thành 02 và 04 phòng trực thuộc.

Đồng thời, Nghị định cũng nhấn mạnh chức năng, quyền hạn của Thanh tra Chính phủ trong việc chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra và tổ chức thực hiện các văn bản quy phạm pháp luật, chiến lược, định hướng chương trình đã được phê duyệt về thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng; trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt định hướng chương trình thanh tra hàng năm, các dự thảo quyết định, chỉ thị, các văn bản khác thuộc thẩm quyền của Thủ tướng Chính phủ và tổ chức triển khai thực hiện…

Theo Nghị định này, Thanh tra Chính phủ là cơ quan ngang Bộ của Chính phủ, thực hiện chức năng quản lý nhà nước về công tác thanh tra, tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng trong phạm vi cả nước; thực hiện hoạt động thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng theo quy định của pháp luật.

Riêng trong lĩnh vực thanh tra, Thanh tra Chính phủ có nhiệm vụ lập kế hoạch thanh tra của Thanh tra Chính phủ, hướng dẫn Thanh tra Bộ, cơ quan ngang Bộ, Thanh tra tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương xây dựng và tổ chức thực hiện kế hoạch thanh tra.

Thanh tra việc thực hiện chính sách, pháp luật và nhiệm vụ, quyền hạn của Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, UBND tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương; thanh tra đối với doanh nghiệp nhà nước do Thủ tướng Chính phủ quyết định thành lập; thanh tra vụ việc phức tạp, liên quan đến trách nhiệm quản lý nhà nước của nhiều Bộ, cơ quan ngang Bộ, UBND cấp tỉnh.

Thanh tra Chính phủ cũng có nhiệm vụ thanh tra vụ việc khác do Thủ tướng Chính phủ giao.

Thanh tra Chính phủ kiểm tra tính chính xác, hợp pháp của các kết luận thanh tra và quyết định xử lý sau thanh tra của Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang Bộ, Chủ tịch UBND cấp tỉnh và của Chánh Thanh tra Bộ, cơ quan ngang Bộ, Chánh Thanh tra cấp tỉnh khi cần thiết.

Thanh tra Chính phủ sẽ quyết định thanh tra lại vụ việc đã được Bộ trưởng kết luận nhưng phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật khi được Thủ tướng Chính phủ giao; quyết định thanh tra lại vụ việc đã được Chủ tịch UBND cấp tỉnh, Chánh Thanh tra Bộ, Chánh Thanh tra tỉnh kết luận nhưng phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật.

Thanh tra Chính phủ có quyền đề nghị Bộ trưởng, yêu cầu Chủ tịch UBND cấp tỉnh tiến hành thanh tra trong phạm vi quản lý của Bộ, của UBND cấp tỉnh khi phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật. Trường hợp Bộ trưởng, Chủ tịch UBND cấp tỉnh không đồng ý thì có quyền ra quyết định thanh tra, báo cáo và chịu trách nhiệm trước Thủ tướng Chính phủ về quyết định của mình.

Thanh tra Chính phủ chủ trì xử lý việc chồng chéo về phạm vi, đối tượng, nội dung, thời gian thanh tra giữa cơ quan Thanh tra các Bộ; giữa Thanh tra Bộ với Thanh tra tỉnh; theo dõi, kiểm tra, đôn đốc việc thực hiện các kết luận, kiến nghị, quyết định xử lý về thanh tra của Thanh tra Chính phủ và Thủ tướng Chính phủ.

Xem xét xử lý vấn đề mà Chánh Thanh tra Bộ không nhất trí với Bộ trưởng, Chánh Thanh tra tỉnh không nhất trí với Chủ tịch UBND cấp tỉnh về công tác thanh tra. Trường hợp Bộ không đồng ý với kết quả xử lý của Tổng Thanh tra Chính phủ thì Tổng Thanh tra Chính phủ báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định.

Kiến nghị Bộ trưởng đình chỉ việc thi hành hoặc hủy bỏ quy định do Bộ mình ban hành trái với quy định của cơ quan nhà nước cấp trên, của Tổng Thanh tra Chính phủ về công tác thanh tra; trường hợp Bộ trưởng không đình chỉ hoặc không hủy bỏ văn bản đó thì trình Thủ tướng Chính phủ quyết định.

Đình chỉ việc thi hành và đề nghị Thủ tướng Chính phủ bãi bỏ quy định của UBND cấp tỉnh, Chủ tịch UBND cấp tỉnh trái với quy định của cơ quan nhà nước cấp trên, của Tổng Thanh tra Chính phủ về công tác thanh tra.

Kiến nghị với cơ quan nhà nước có thẩm quyền sửa đổi, bổ sung, ban hành quy định cho phù hợp với yêu cầu quản lý; kiến nghị đình chỉ hoặc hủy bỏ quy định trái pháp luật phát hiện qua công tác thanh tra.

Kiến nghị Thủ tướng Chính phủ xem xét trách nhiệm, xử lý người thuộc quyền quản lý của Thủ tướng Chính phủ có hành vi vi phạm pháp luật phát hiện qua thanh tra hoặc không thực hiện việc kết luận, quyết định xử lý về thanh tra; yêu cầu người đứng đầu cơ quan, tổ chức xem xét trách nhiệm, xử lý người thuộc quyền quản lý của cơ quan, tổ chức có hành vi vi phạm pháp luật phát hiện qua thanh tra hoặc không thực hiện kết luận, quyết định xử lý về thanh tra.

Nghị định cũng quy định chi tiết về trách nhiệm, quyền hạn của Thanh tra Chính phủ trong công tác tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và công tác phòng, chống tham nhũng.

Nghị định này thay thế Nghị định số 65/2008/NĐ-CP ngày 20/05/2008 và có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/12/2012./.