Theo quy định trong Nghị định này, Chính phủ sẽ thực hiện 8 quyền, trách nhiệm của chủ sở hữu nhà nước, trong đó có quyền quy định điều lệ của từng tập đoàn kinh tế nhà nước. Về quyền, trách nhiệm của Thủ tướng Chính phủ, một số điểm nổi bật tại Nghị định như: Đối với tập đoàn kinh tế nhà nước và Tổng công ty Đầu tư và Kinh doanh vốn nhà nước, Thủ tướng có quyền quyết định thành lập, mục tiêu, nhiệm vụ và ngành, nghề kinh doanh; tổ chức lại, chuyển đổi sở hữu, giải thể và yêu cầu phá sản. Phê duyệt Đề án thành lập công ty con 100% vốn nhà nước. Phê duyệt chủ trương thành lập, tổ chức lại, giải thể chi nhánh, văn phòng đại diện và các đơn vị hạch toán phụ thuộc khác.

Thủ tướng Chính phủ quyết định vốn điều lệ khi thành lập và điều chỉnh vốn điều lệ trong quá trình hoạt động. Thủ tướng có quyền quyết định bổ nhiệm, bổ nhiệm lại, miễn nhiệm, từ chức, khen thưởng, kỷ luật Chủ tịch Hội đồng thành viên. Đồng thời, phê duyệt chiến lược, kế hoạch sản xuất kinh doanh và kế hoạch đầu tư phát triển 5 năm của tập đoàn kinh tế nhà nước và Tổng công ty Đầu tư và Kinh doanh vốn nhà nước…

Nghị định cũng quy định một số quyền của hội đồng thành viên của tập đoàn, tổng công ty nhà nước cũng đã được chuyển lên cấp trên là các bộ quản lý chuyên ngành. Cụ thể là quyền quyết định bổ nhiệm, miễn nhiệm đối với chức danh tổng giám đốc, phê duyệt danh mục các dự án đầu tư thuộc nhóm A, B hàng năm… Bên cạnh đó, quyền thẩm định, trình Thủ tướng chính phủ chiến lược, kế hoạch sản xuất kinh doanh và kế hoạch đầu tư phát triển 5 năm của tập đoàn kinh tế nhà nước cũng đã được giao cho Bộ Kế hoạch và Đầu tư. Bộ Tài chính được giao nhiệm vụ thẩm định và chấp thuận các khoản vay nợ nước ngoài của tập đoàn kinh tế nhà nước và các công ty TNHH một thành viên khác…

Đối với tập đoàn kinh tế sau cổ phần hóa, Bộ quản lý ngành phải thực hiện các quyền, trách nhiệm sau đây: Chỉ định, miễn nhiệm, khen thưởng, kỷ luật Người đại diện; quyết định lương, thưởng, phụ cấp và các lợi ích khác của Người đại diện. Đánh giá đối với Người đại diện;… Yêu cầu Người đại diện báo cáo để thực hiện giám sát, kiểm tra thường xuyên và thanh tra theo quy định việc chấp hành pháp luật; việc quản lý, sử dụng, bảo toàn và phát triển vốn nhà nước tại doanh nghiệp; việc thực hiện chiến lược, kế hoạch; đánh giá việc thực hiện mục tiêu, nhiệm vụ được giao và kết quả hoạt động, hiệu quả sản xuất kinh doanh của tập đoàn kinh tế sau cổ phần hóa (khoản 1, Điều 23).

Về quyền và trách nhiệm của Bộ quản lý ngành, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh đối với doanh nghiệp trực thuộc đã chuyển đổi, cổ phần hóa được quy định cụ thể tại khoản 2, Điều 23 như sau: Quyết định việc nắm giữ, tăng, giảm vốn nhà nước đầu tư vào doanh nghiệp; chỉ định, miễn nhiệm, khen thưởng, kỷ luật Người đại diện; quyết định lương, thưởng, phụ cấp và các lợi ích khác của Người đại diện. Đánh giá đối với Người đại diện;…Yêu cầu Người đại diện báo cáo để thực hiện giám sát, kiểm tra thường xuyên và thanh tra theo quy định việc chấp hành pháp luật; việc quản lý, sử dụng, bảo toàn và phát triển vốn nhà nước tại doanh nghiệp; việc thực hiện chiến lược, kế hoạch; đánh giá việc thực hiện mục tiêu, nhiệm vụ được giao, kết quả hoạt động, hiệu quả sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp;

Nghị định 99/2012/NĐ-CP có hiệu lực thi hành từ ngày 30/12/2012./.