Quy trình áp dụng đối với các cơ quan quản lý nhà nước, cơ quan thanh tra nhà nước, các đoàn thanh tra do Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước hoặc Thủ trưởng cơ quan thanh tra nhà nước thành lập để thực hiện nhiệm vụ thanh tra chấp hành pháp luật về lĩnh vực thanh tra kinh tế - xã hội.

Theo đó, UBND tỉnh, Thanh tra tỉnh thanh tra đối với sở, ban, ngành và UBND huyện, thị xã, thành phố. UBND cấp huyện; Thanh tra huyện, thị xã, thành phố (sau đây gọi là Thanh tra huyện) thanh tra đối với phòng, ban trực thuộc cấp huyện; UBND xã, phường, thị trấn trực thuộc. Giám đốc sở, Thanh tra sở thanh tra đối với các cơ quan, đơn vị thuộc quyền quản lý của sở.

Đối tượng thanh tra là sở, ban ngành (gọi tắt là cấp sở) thì những cơ quan, đơn vị, cá nhân là đối tượng thanh tra gồm: Giám đốc sở, Thanh tra sở; một số phòng, ban chuyên môn của Sở, Trưởng đoàn thanh tra kinh tế xã hội và một số đơn vị trực thuộc sở có liên quan công tác thanh tra, theo kế hoạch thanh tra của Trưởng đoàn thanh tra. Đối tượng thanh tra là UBND cấp huyện thì những cơ quan, đơn vị, cá nhân được thanh tra gồm: Chủ tịch UBND huyện; Chánh Văn phòng UBND huyện; Thanh tra huyện; một số phòng chuyên môn; Trưởng đoàn thanh tra và một số đơn vị có liên quan đến công tác thanh tra kinh tế, xã hội theo kế hoạch thanh tra của Trưởng đoàn thanh tra.